L'aéroport a été inauguré le 28 juillet 1934 par Eric Gandar Dower le fondateur de cet aéroport nommé à l'époque "aérodrome de Dyce" et qui a également lancé Aberdeen Airways qui est devenu Allied Airways[1].
En 1939, il est repris par la RAF (notamment l’escadron 612) et quelques vols civils perdurent encore vers les iles du nord. L’industrie pétrolière s'implante dans la région[1].
Allied Airways aide au retrait des troupes britanniques de France en 1940[1].
Aberdeen est rouvert au vol civil sans restriction à partir du 1er janvier 1946. Aberdeen gèrera 20 atterrissages quotidiens notamment des vols militaires[1].
En mai 1951, le roi, la reine et la princesse Margaret se sont rendus à Aberdeen à bord d'un Royal Flight Viking[1].
L'aéroport prendra le nom d'aéroport d’Aberdeen officiellement en 1955 en remplaçant "aérodrome de Dyce"[1].
50 000 passagers transitent en 1963 sur l'aéroport qui verra en 1967 son premier vol en hélicoptère de soutien pétrolier de BEA Helicopters à la plate-forme Shell Staflo[1]. En effet, c'est en 1967 que du pétrole est découvert en mer du Nord. L'aéroport est rapidement devenu un centre majeur pour les activités d’hélicoptères reliant les plates-formes pétrolières au continent.
L’aviation civile Britannique prend le contrôle de l’aéroport d’Aberdeen en 1972 et des travaux d'agrandissement commence en 1973. Ils seront inaugurés en 1977 par son S.A.R. la Princesse Alexandra[1].
La nouvelle tour de contrôle entre en service en 1980[1].
Il était l'aéroport le plus proche du château de Balmoral, ce qui permettait à la famille royale britannique de se rendre rapidement au chevet de la reine Elizabeth II à la suite de son état de santé préoccupant annoncé le 8 septembre 2022 dans la matinée.
L'aéroport est nommé en septembre 2022, "aéroport écossais de l’année" aux Scottish Transport Awards puis "Hub de l’année" aux National Transport Awards en octobre 2023[1].
L’aéroport de Granite City célèbre ses 90 ans en 2024[1].