Le jeu sort sur Nintendo 64 en juin et juillet 1998 aux États-Unis et en Europe, ainsi qu'en décembre 1998 au Japon.
Premier jeu de la série mettant en scène Banjo et Kazooie. Le jeu raconte l'histoire de Gruntilda, une méchante sorcière qui kidnappe Tooty, la sœur de Banjo, afin de lui voler sa beauté. Banjo, aidé de son amie Kazooie, partent alors à la rescousse de Tooty. A la fin du jeu, Gruntilda se retrouve enfermée dans une cavité, bloquée par un gros rocher.
Le jeu sort sur Nintendo 64 en novembre 2000 aux États-Unis et au Japon, et en avril 2001 en Europe.
Ce jeu fait suite à Banjo-Kazooie. Deux ans après les événements du premier jeu, Mingella et Blobbelda, les sœurs de Gruntilda, libèrent cette dernière en soulevant le rocher. Gruntilda (maintenant sous une apparence squelettique) est bien décidé à se venger de Banjo et Kazooie.
Le jeu sort sur Game Boy Advance le 11 septembre 2003 aux États-Unis, et le 31 octobre 2003 en Europe.
Cet opus se déroule entre Banjo-Kazooie et Banjo-Tooie, et est, en quelque sorte, un jeu dérivé de la série principale. Deux mois après s'être retrouvée bloquée sous un rocher, la sorcière Gruntilda demande à un de ses serviteurs de lui construire un corps de robot afin d'y transférer son âme. Une fois la sorcière vaincu, son âme regagne son vrai corps, et Gruntilda demande alors à Klungo (son serviteur) de contacter ses sœurs.
Il s'agit du premier (et du seul) jeu de la série à ne pas sortir sur une console de Nintendo, le studio Rare ayant été racheté par Microsoft. 8 ans après sa première défaite, Gruntilda (dont il ne reste que le crâne) est bien décidée à se venger encore une fois de Banjo et Kazooie. Voulant se battre, ils seront tous 3 stoppés par un mystérieux personnage appelé "Le Seigneur Absolu des Jeux Vidéos". Ce dernier offre un véhicule à Banjo et Kazooie, ainsi qu'à Gruntilda, et il leur dira de se rendre à "DuelVille", afin de remporter des minis-jeux, et gagner la propriété de la "Montagne Perchée".
Apparitions dans d'autres médias
Avant d'avoir une série à son nom, la toute première apparition du personnage de Banjo est dans Diddy Kong Racing.
Kazooie est l'héroïne principale. C'est un oiseau rouge et jaune. Elle a un fort caractère contrairement à Banjo, et n'hésite pas à insulter et à dire ce qui ne va pas. Néanmoins, malgré sa personnalité, elle accompagnera toujours son compagnon dans ses aventures.
Tooty
Tooty est la sœur de Banjo. C'est une oursonne, avec une chevelure blonde, un T-shirt rose et un pantalon violet. Elle se fera capturer par Grunty qui a l'intention de lui voler sa beauté. Tooty n'apparaîtra que dans le premier jeu de la série.
Bottles
Bottles est une taupe et un grand ami de Banjo et Kazooie. C'est lui qui enseigne les coups spéciaux aux héros. Dans Banjo-Tooie, il se fera tuer par Gruntilda, mais sera ressuscité à la fin du jeu.
Jamjars
Jamjars est le grand frère de Bottles, donc une taupe lui aussi. Il est habillé avec une tenue militaire. C'est lui qui apprendra à Banjo et Kazooie les nouvelles capacités dans le jeu Banjo-Tooie.
Cheato
Cheato est un livre magique vivant, qui permet au joueur d'utiliser des codes de triche.
Mumbo Jumbo
Mumbo Jumbo est une espèce de chaman et un ami de Banjo et Kazooie. Il aide à maintes reprises le duo, soit en les transformant afin de passer dans des passages étroits dans Banjo-Kazooie, en les faisant remonter le temps dans Banjo-Kazooie : La Revanche de Grunty, ou en encore en leur vendant des pièces pour le véhicule dans Banjo-Kazooie: Nuts and Bolts. Il est également un personnage jouable dans Banjo-Tooie, où il utilise ses sortilèges pour faire avancer Banjo et Kazooie dans leur quête et dans Banjo-Pilot.
Humba Wumba
Humba Wumba est une magicienne indienne, qui vit dans un wigwam, une sorte de tipi. Elle reprendra la fonction de Mumbo Jumbo, à savoir la transformation de Banjo et Kazooie en créatures et objets divers, dans le jeu Banjo-Tooie.
Brentilda
Brentilda est une des sœurs de Gruntilda, mais contrairement à cette dernière, Brentilda est du côté des gentils. Elle aidera Banjo et Kazooie en dévoilant des secrets sur sa sœur qui seront utiles dans la phase finale du jeu.
Gruntilda, aussi appelé Grunty, est l'antagoniste principal de la série.
Mingella
Mingella est une des sœurs de Gruntilda. Avec Blobbelda, elle libéra Gruntilda de son rocher dans Banjo-Tooie. A la fin, elle mourra écrasée par un poids d'une tonne, tout comme sa sœur Blobbelda.
Blobbelda
Blobbelda est une des sœurs de Gruntilda. Avec Mingella, elle libéra Gruntilda de son rocher dans Banjo-Tooie. A la fin, elle mourra écrasée par un poids d'une tonne, tout comme sa sœur Mingella.