Carlavirus

Classification ICTV

Realm	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Kitrinoviricota
Classe	Alsuviricetes
Ordre	Tymovirales
Famille	Betaflexiviridae
Sous-famille	Quinvirinae

Genre

Carlavirus
ICTV 1993^[1]

Carlavirus est un genre de virus de la famille des Betaflexiviridae, sous-famille des Quinvirinae, qui comprend 53 espèces acceptées. Ces virus infectent tous les plantes (phytovirus). Ce sont des virus à ARN simple brin à polarité positive (ssRNA), rattachés au groupe IV de la classification Baltimore. Les virions ont des filaments droits ou légèrement sinueux. Le genre Carlavirus a d'abord été rattaché à la famille des Flexiviridae (2004). Lors de la scission de cette famille en 2009, il a été classé dans la famille des Betaflexviridae nouvellement créée^[2].

L'infection est parfois transmises par des pucerons selon un mode semi-persistant, ce qui signifie que le vecteur reste infectieux pendant un temps limité à quelques heures. Certaines espèces sont transmises par l'aleurode du tabac (Bemisia tabaci) selon un mode semi-persistant, ou par l'intermédiaire des graines. La plupart des espèces ont un nombre limité d'hôtes et leurs infections provoquent peu de symptômes voire aucun ; c'est le cas par exemple du virus latent américain du houblon ou du virus masqué du lis. D'autres, tels le virus de la brunissure nécrotique du bleuet ou le virus de la mosaïque du peuplier, entraînent des maladies graves^[3].

Le nom générique, « Carlavirus », est une combinaison reprenant la première syllabe des deux premiers termes du nom de l'espèce-type, Carnation latent virus (virus latent de l'œillet).

Les virions, non enveloppés, sont en forme de filaments droits ou légèrement flexueux, à symétrie hélicoïdale au pas d'environ 3,4 nm, mesurant de 12 à 15 nm de large sur 310 à 700 nm de long.

Le génome est constitué d'une molécule d'ARN monocaténaire (à simple brin) de sens positif de 7,4 à 7,7 kb.

Ce génome compte généralement six cadres de lecture ouverts (ORF) avec des régions non traduites (UTR) courtes aux extrémités 5' et 3'. Chez le virus M de la pomme de terre, l'ORF 1 code un polypeptide de 223 kDa qui est la réplicase virale. Les ORF 2, 3 et 4 forment un bloc de trois gènes chevauchants codant des polypeptides de 25, 12 et 7 kDa qui facilitent le mouvement du virus. L'ORF 5 code une protéine de capside (CP) de 34 kDa et chevauche l'ORF 6, qui code une protéine riche en cystéine de 11 à 16 kDa. La fonction du polypeptide de 11 à 16 kDa n'a pas encore été déterminée, mais sa capacité à se lier à l'acide nucléique indique qu'il peut faciliter la transmission par les pucerons ou être impliqué dans le silençage génique de l'hôte ou dans la réplication de l'ARN viral^[4].

Selon NCBI (31 décembre 2020)^[5] :

• Liste de phytovirus

• (en) ICTV : Carlavirus (consulté le 25 janvier 2021)
• (en) BioLib : Carlavirus (consulté le 31 décembre 2020)
• (en) NCBI : Carlavirus (taxons inclus) (consulté le 31 décembre 2020)
• (en) WoRMS : Carlavirus (+ liste espèces) (consulté le 31 décembre 2020)
• (en) « Carlavirus », sur ViralZone (consulté le 31 décembre 2020).
• (en) Brands, S.J. (ed.), « Taxon: Genus Carlavirus (virus) », sur The Taxonomicon, Universal Taxonomic Services, Zwaag, The Netherlands (consulté le 31 décembre 2020).
• (en) « Betaflexiviridae », sur ICTV 9th Report (2011), International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (consulté le 31 décembre 2020).

• Suzanne Astier, Hervé Lecoq, Josette Albouy, Yves Maury, Principes de virologie végétale: Génome, pouvoir pathogène, écologie des virus, Quae, 2001, 488 p. (ISBN 9782759214570, lire en ligne), p. 376-377.
• (en) David Pimentel, Encyclopedia of Pest Management, CRC Press, 2002, 931 p. (ISBN 9781439870587, lire en ligne), p. 407.

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