L'établissement, conçu par l'architecte américain William E. Boone(en)[3],[4], ouvre en et sert initialement d'établissement correctionnel territorial, puis de pénitencier fédéral[5]. Les américains condamnés à des peines d'emprisonnement par les United States Court for China(en), tribunaux chargés d'opérer en Chine à la fin du XIXe siècle et au début du XXe siècle, purgent leur peine au centre correctionnel de l'ïle McNeil[6].
Dans les années , Robert Stroud, « l'homme aux canaris d'Alcatraz », est incarcéré dans l'établissement. Il y poignarde mortellement un gardien de prison en .
Pendant la Seconde Guerre mondiale, quatre-vingt-cinq Américains d'origine japonaise qui avaient résisté à la conscription pour protester contre leur internement, dont le militant des droits civiques Gordon Hirabayashi(en), sont condamnés à des peines de prison à McNeil ; tous sont par la suite graciés par le président Harry S. Truman en [7].
Le criminel et romancier James Fogle est envoyé à McNeil à l'âge de 17 ans dans les années [8].
En , le département annonce son intention de fermer le l'établissement d'ici , économisant ainsi 14 millions de dollars[11]. L'établissement ferme en [12].
↑« An Old Puget Sounder: The History of a Useful Craft... The General Harney and the Services She Has Performed », Seattle Daily Post-Intelligencer, (lire en ligne, consulté le )
Elliott Young, Forever Prisoners: How the United States Made the World's Largest Immigrant Detention System, (DOI10.1093/oso/9780190085957.003.0002), « Dawn of Immigrant Incarceration: Chinese and Other Aliens at McNeil Island Prison »
Jeffrey Karl Ochsner et Dennis Alan Andersen, Distant Corner: Seattle Architects and the Legacy of H.H. Richardson, Seattle, University of Washington Press, (ISBN978-0-295-98238-0)
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