En , il devient le centre de recherche coopérative sur programme « Préhistoire et protohistoire du Proche-Orient asiatique » puis, en , une mission permanente du CNRS, le « Centre de recherches préhistoriques français de Jérusalem »,
Son nom actuel lui est attribué en ; le centre devient alors pluridisciplinaire et étend son champ de recherches à l'ensemble des sciences humaines et sociales.
– : Jean Perrot (CNRS), archéologue, préhistorien, fondateur du Centre.
– : Jacques Caroux (CNRS), sociologue, intérimat.
– : François Blanchetière (université de Strasbourg), historien, professeur de religion comparée, spécialiste des relations entre le judaïsme et le christianisme dans les premiers siècles de l'ère chrétienne.
– : Dominique Bourel (CNRS), historien, spécialiste du judaïsme allemand à la période moderne.
– : Pierre de Miroschedji (MAEE/CNRS), archéologue, spécialiste du Bronze ancien au Levant sud.
– : Sophie Kessler-Mesguich (d) (MAEE/Université Paris 3-Sorbonne), professeur de linguistique et de littérature hébraïque.
– : Olivier Tourny (MAEE/CNRS) musicologue et ethnomusicologue, spécialiste de musiques liturgiques.
Conçu comme un lieu pluridisciplinaire de coopération entre chercheurs, le CRFJ a pour missions
la conduite des programmes de recherche pluridisciplinaires associant des établissements d’enseignement et de recherche français et européens avec leurs homologues israéliens et palestiniens ;
l'accueil et le soutien aux chercheurs et archéologues français travaillant en Israël ainsi que la formation de jeunes chercheurs ;
l'animation d'échanges scientifiques avec les chercheurs locaux ;
l’organisation de séminaires, colloques, ateliers, conférences et éditions pour valoriser les recherches.
Catherine Nicault, « Le CNRS dans l'« Orient compliqué » : Le Centre de recherche français de Jérusalem », La revue pour l'histoire du CNRS, no 5 « Des laboratoires à l'étranger », (DOI10.4000/histoire-cnrs.3272, lire en ligne).