Bien considéré par Robert Lee, il est nommé commandant de division sous Richard Stoddert Ewell. Le premier soir de la bataille de Gettysburg (), Ewell rate l'occasion d'attaquer « Cemetery Hill » et Johnson choisi également de ne pas attaquer la « Culp's Hill(en) » pour laquelle il a une ordonnance discrétionnaire. Johnson attaque les deuxième et troisième jours de la bataille, trop tardivement. Ewell et Johnson sont alors accusés d'avoir manquer l'occasion et donc d'avoir participé à la perte de cette bataille décisive.
Après la guerre
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