Dès 1910, Félix Gaffiot développe ses idées pédagogiques dans sa Méthode de langue latine. Il soutient qu'il est nécessaire de partir du latin pour arriver au français. Ses travaux sont interrompus par la guerre de 1914 et sa mobilisation comme officier auxiliaire de santé[3] dans l’Argonne. Par la suite, Gaffiot s'intéresse à la peinture et étudie dans une École des beaux-arts[réf. souhaitée].
À la suite de désaccords avec ses collègues, Félix Gaffiot quitte la Sorbonne en 1927, alors que sa titularisation était proche. Il trouve un nouveau poste à l'université de Besançon. Il est ensuite nommé doyen de la faculté des lettres le et renouvelé dans ses fonctions en 1936[4]. Il prend sa retraite de l'université en .
Félix Gaffiot est mort en , moins d'un mois après la date officielle de sa mise à la retraite, des suites d'un accident de voiture survenu le [5] près de Mouchard[3], et après lequel il avait été transporté à Besançon[6] ; il repose dans le cimetière de son village natal[7]. Il laisse l'image d'un professeurhumaniste et exigeant.
Un collège porte son nom à Quingey ainsi qu'une rue de Besançon et de Liesle.
En 1923, l'éditeurHachette confie à Félix Gaffiot la mission de créer un dictionnairelatin-français, rapidement surnommé Le Gaffiot. Après rédaction de milliers de fiches, l'ouvrage paraît enfin en 1934. Il se distingue par ses illustrations et par sa netteté typographique. Depuis, il est régulièrement réimprimé, en version complète ou abrégée. Une nouvelle édition complétée et modernisée paraît en 2001. Une nouvelle édition revue et augmentée paraît en 2016.