Neveu de l'empereur Ferdinand III du Saint-Empire et du roi Philippe IV d'Espagne, voisin des états héréditaires de la Maison d'Autriche, le duc Ferdinand-Marie est un allié (et client) de la France. Il est membre de la Ligue du Rhin en 1658 et signe en 1670 un traité défensif avec le roi Louis XIV au cas où l'un des deux derniers monarques de la Maison de Habsbourg, Léopold Ier du Saint-Empire ou Charles II d'Espagne viendrait à mourir sans héritier direct. Son épouse meurt en 1676 à l'âge de 40 ans. L'électeur Ferdinand-Marie meurt en 1679 à l'âge de 42 ans.