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Lorsqu'en 1478 il succède à son père comme duc de Bragance, il devient le détenteur du plus grand domaine seigneurial, non seulement du Portugal, mais aussi de Castille, de Navarre et d'Aragon. L'accession au trône de Jean II en 1481 et sa volonté de renforcer le pouvoir royal ainsi que les mesures qu'il prend contre les privilèges excessifs des nobles, amène le duc de Bragance, maire de nombreuses forteresses, à protester, déclarant qu'il porte atteinte à sa dignité et qu'il est excessivement strict, étant accompagné en cela par ses frères et le duc de Viseu.
Parmi les actes existants de donations et de privilèges accordés au duché de Bragance et conservés dans un coffre à la Vila Viçosa, le trésorier dit avoir trouvé des lettres où le duc de Bragance, craignant l'inimitié du nouveau roi, essayait de gagner des alliés en Castille. Sur la base de copies de ces mêmes lettres, ordonnées par Jean II, le duc de Bragance est jugé à Evora, condamné à mort et exécuté par décapitation le . Manuel Ier annulera plus tard ce procès, en 1500, et rendra les terres et les titres à son fils, Jacques Ier de Bragance.
Il n'est pas possible d'affirmer si le roi Jean II avait raison ou si tout cela n'était que des soupçons qu'il utilisait pour se débarrasser du Duc et de la Maison de Bragance, puisque dans la sentence il confisquait tous les biens qui passaient à la couronne. En fait, Jean II semble avoir exagéré le déroulement du procès, allant jusqu'à faire décorer la salle d'audience du palais où le roi est installé, avec des tissus représentant des scènes de l'histoire de Trajan, avec des exemples de la « sévérité et la justice » de cet empereur de Rome.
Le duc s'est marié deux fois ; la première fois le , alors qu'il n'avait que 17 ans, à Leonor de Meneses (1430-1452), fille de Pedro de Meneses ; la seconde fois, le à Isabelle de Viseu (1459-1521), fille de l'infant D. Fernando, duc de Viseu.
Descendance
De son premier mariage, avec Leonor de Meneses, il n'y eut pas d'enfants ;
De son second mariage, avec Isabelle de Viseu, il y eut quatre enfants :
Philippe (6 juillet 1475 – Castille, 1483), mort en bas âge, peut-être empoisonné ;