Fils de Lorenzo Sanz, l'ancien président du Real Madrid de 1995 à 2000, Fernando Sanz fut formé au Real Madrid en tant que défenseur. Il poursuit son apprentissage au Chili, dans le club d'Unión Española pendant une saison. Il revient à Madrid et joue avec la réserve, puis en 1996, il débuta en équipe première. Il remporta avec cette équipe la Ligue des Champions en 1998, la supercoupe d'Espagne et le championnat espagnol en 1997.
Il quitte le Real pour Malaga CF en 1999. Il y reste sept saisons, remportant la Coupe Intertoto en 2002. En 2006, il arrête sa carrière de footballeur.
Il fut aussi international espagnol des moins de 17 ans en 1990-1991 à deux reprises.
Cette même année-là, son père rachète 97 % des parts du club de Malaga, et Fernando Sanz devient président de ce club. En tant que président, il vécut une montée, en terminant deuxième du championnat de D2 espagnole en 2007-2008.
