Après avoir suivi ses études de Lettres à l'université de Fribourg et obtenu un doctorat es lettres (Histoire moderne et contemporaine), François Walter est chargé de cours puis maître-assistant dans la même université de 1981 à 1986. Il occupe ensuite, en tant que professeur, à partir de 1986 la chaire d'histoire moderne et contemporaine à l'université de Genève. Il accède à l'éméritat en 2012.
Dans le cadre de son enseignement, François Walter a été professeur invité à :
Il a aussi été directeur d'études invité à l'École des hautes études en sciences sociales à Paris (1991, 1999 et 2006) et a également séjourné comme chercheur invité au Max Planck Institut für Geschichte de Göttingen (2000, 2004 et 2006) et comme fellow au Collegium Budapest (2002).
Il est le fondateur avec Pascal Delvaux, des Presses d'histoire suisse[2].
Il a publié plusieurs livres et articles sur l'histoire urbaine, l'histoire du climat, de l'environnement et des catastrophes naturelles, et l'histoire de la production des identités sociales et est l'auteur d'une « Histoire de la Suisse », en 5 tomes aux Éditions Alphil - Presses universitaires suisses de 2009 à 2010[3].