La station dispose de deux quais en position latéral, à gauche et à droite des lignes, et deux quais en ilots central encadrant une voie permettant le dégagement des trains hors service vers le dépôt de Temple Mills[1]. L'ensemble est plus proche de la surface que les tunnels de la ligne.
Le bâtiment est construit en béton et verre, comme plusieurs des gares TGV françaises, dans une boîte de béton à ciel ouvert. Le niveau des voies est en dessous du sol, parce que les voies sont en tunnel à côté de la gare. La station dispose de quatre quais. La gare permet aussi aux Eurostar d'accéder au dépôt de Temple Mills.
Depuis le , la gare est desservie par les trains Hitachi Class 395 du Kent (au sud de la Tamise). Ces trains roulent sur la ligne à grande vitesse à 225 km/h, au lieu de 300 km/h pour les Eurostar. En 2012, Stratford est sur le site des jeux olympiques, des navettes seront proposées toutes les six minutes entre le parc olympique de Stratford et le centre de Londres. Initialement prévue pour une desserte Eurostar pendant les Jeux, aucun train de ce service ne s'y est jamais arrêté en service commercial.
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Desserte
Depuis le , des services régionaux en destination du sud de l'Angleterre (Kent) et la gare de Saint-Pancras sont proposés.
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