Le , grâce à la médiation du duc d'Albe, Philippe II d'Espagne engagea Van Turnhout comme maestro de capilla de la Capilla Flamenca à Madrid. Après un sursis de plus d'un an, Van Turnhout entreprit le voyage à Madrid, accompagné d’un groupe de chanteurs recrutés dans les Pays-Bas. Il apparaît pour la première fois dans les documents d'archives comme maestro de capilla en novembre 1572. On ne dispose que de peu de données sur les activités de Van Turnhout pendant les huit années passées en Espagne. Philippe II le tenait en haute estime, comme en témoignent les nombreuses prébendes qu'il lui attribua. Van Turnhout occupa son poste jusqu'à sa mort. Une des tâches qui lui incombaient consistait à recruter, dans les Pays-Bas, des enfants de chœur pour la Capilla Flamenca[1].
Missa 'O Maria vernans rosa', à cinq voix (1570)[1]
La seule messe conservée de Van Turnhout est une œuvre d'une durée particulièrement longue. Les motifs mélodiques ne sont pas sans rappeler l'hymneAve maris stella et l'antienneAssumpta est Maria. L’Agnus Dei résume la matière musicale en utilisant simultanément les deux motifs les plus importants[1].
(fr) Doorslaer (van), Georges. « Jean van Turnhout, compositeur, maître de chapelle à Malines et à Bruxelles, (1545 ?-après 1618) », Musica sacra, Bruges, vol. XLII, 1935, p. 218-248.
(nl) Spiessens, Godelieve. « Familiebanden van de componisten Geert en Jan van Turnhout (16de en 17de eeuw) », Musica antiqua, Peer, vol. IV, 1987, p. 58-59.
(en) Wagner, Lavern J. Sacred and Secular Songs for Three Voices by Gerard de Turnhout, Madison, A-R Editions, 1970 (Recent Researches in the Music of the Renaissance; 9 et 10).
(en) Wagner, Lavern J. In : Becquart, Paul, et Henri Vanhulst (dir.), Music of Composers from the Low Countries at the Spanish Court of Philip II / Musique des Pays-Bas anciens - Musique espagnole ancienne (ca. 1450-ca. 1650) : actes du Colloque musicologique international, Bruxelles, 28-29 X 1985, Louvain, Peeters, 1988, p. 200-202.