Au cours de ce quatrième mandat, Freycinet met fin aux séquelles du boulangisme qu'il avait contribué à initier par sa nomination au ministère de la Guerre lors de son précédent gouvernement. Il doit aussi faire face à une nouvelle poussé d'anticléricalisme en réponse à l'initiative du pape Léon XIII proposant un ralliement des catholiques à la République. Il fait aussi face aux premières manifestations du 1er mai et notamment la journée de Fourmies en 1891. Le gouvernement prend des mesures sociales avec la loi du 8 juillet 1890 sur les délégués mineurs, loi du 2 juillet 1890 sur la suppression des livrets ouvriers et prépare la loi du 31 octobre 1892 sur le travail des femmes et des enfants. De plus, il met un terme à l'isolement diplomatique de la France en signant l'alliance franco-russe.
Fin du gouvernement et passation des pouvoirs
Le , Charles de Freycinet présente la démission du Gouvernement au président de la République, Sadi Carnot après le début de la politique de Ralliement, mené par le cardinal Lavigerie, archevêque d'Alger. Les incidents qui se produisirent lors de pèlerinages ouvriers à Rome, la circulaire de Fallières, ministre des Cultes, invitant les évêques à supprimer ces pèlerinages, la réplique cinglante de l'archevêque d'Aix envenimèrent de nouveau les rapports entre l'Eglise et l'Etat. Le gouvernement, pris entre les feux croisés de la droite et des radicaux, se retira. Dès ce même jour, le président envisage de charger Ferdinand Sarrien de former le nouveau gouvernement.
Le , Carnot confie à Maurice Rouvier de former le nouveau cabinet ministériel, mais ce dernier décline l'offre le lendemain.
Le , le président appelle Léon Bourgeois afin de former le gouvernement, mais ce dernier refuse due aux difficultés qui l'a rencontrés. C'est alors que Carnot appelle Émile Loubet à créer le nouveau cabinet, et ce dernier accepte la proposition.
Le , le cabinet Loubet est formé et remplace le cabinet de Freycinet.
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