Il obtient son doctorat en médecine à Paris en 1855 et passe l'agrégation en médecine en 1857. Il passe aussi un doctorat en sciences naturelles en 1858. Il succède à Moquin-Tandon à la chaire d'histoire naturelle médicale de l'école de médecine de Paris[1] en 1863[2]. Il devient, plus tard, professeur d'hygiène et d'histoire naturelle à l'École centrale des arts et manufactures[1].
Jacques Leandri (1903-1982) — qui ne l'a pas connu personnellement puisqu'il est né après la mort de Baillon — dit de lui : « D'un caractère à la fois difficile et ironique qui lui avait fait des ennemis et si ses partisans, au Muséum comme à l'Institut, étaient chauds et convaincus, ses ennemis ne l'étaient pas moins » ; et François Gagnepain (1866-1952) : « Beaucoup d'esprit mais un peu pointu »[1]. De fait, Baillon ne met pas de gants dans ses critiques. On peut lire par exemple : « Il paraît qu'avec son inexactitude habituelle dans l'observation de ce qui concerne l'organisation végétale, il (Duchartre) aura pris pour un ovule unique un gros placenta tout chargé d'ovules anatropes » ; et, moins de 20 lignes plus loin : « Je n'ai pas besoin de dire que celui dont les descriptions réunissent le plus d'erreurs est, comme toujours, M. Decaisne », suivi de démonstration à l'appui[4]. Ce qui colore l'attitude de Decaisne (voir ci-dessous la section « Sociétés savantes »), mais sur le fond Baillon a raison : 150 ans plus tard on s'étonne encore de la « relative médiocrité théorique de Joseph Decaisne »[5]. Baillon ne réserve pas ses sarcasmes à ses collègues : la Revue encyclopédique de 1895[6] précise qu'il a une réputation d’examinateur terrible et est particulièrement redouté des étudiants en médecine[7]. Ce qui ne l'empêche pas d'emmener un groupe d'étudiants sur la tombe de Jean-Jacques Rousseau à Ermenonville pour le centenaire de la mort du « père de la Révolution » et d'y prononcer un discours célébrant l'herboristerie et la botanique, la science de l'observation primant sur le savoir des mots[8].
On doit à Henri Baillon un Dictionnaire de botanique ainsi qu'une volumineuse Histoire des plantes[9].
Il meurt subitement, frappé d'une congestion dans son bain[1]. Sa tombe est au cimetière de Montparnasse (Paris), 8e division[10].
[1858] Étude générale du groupe des Euphorbiacées, 678 p. (lire en ligne), avec Atlas.
[1859] Monographie des Buxacées et des Stylocérées, 87 p. (lire en ligne).
[1860] Recherches organogéniques sur la fleur femelle des Conifères (mémoire présenté à l'Académie des sciences le 30 avril 1860. Voir aussi Nouvelles recherches sur la fleur femelle des Conifères dans Adansonia, t. 5, p. 1-16), 21 p. (lire en ligne).
[1864] Recherches sur l'organisation, le développement et l'anatomie des Caprifoliacées, 29 p. (lire en ligne).
↑ abcde et f[Charpin et Aymonin 2002] André Charpin et Gérard Guy Aymonin, « Bibliographie sélective des Flores de France. II. Notices biographiques sur les auteurs cités : A-C » (note biographique), Le Journal de Botanique, vol. 20, , p. 65-104 (voir p. 71) (lire en ligne [sur persee]).
↑[Baillon 1879] Henri Baillon, « Sur les limites du genre Amaioua » et « Sur l'organisation florale du Menyanthes », Bulletin mensuel de la Société linnéenne de Paris, t. 1, no 28, , p. 219–221 (lire en ligne [PDF] sur biodiversitylibrary.org, consulté en ).
↑[Gayon 1997] Jean Gayon, « Le Muséum national d'Histoire naturelle et l'amélioration des plantes au XIXe siècle », dans Claude Blanckaert, Claudine Cohen, Pietro Corsi et al., Le Muséum au premier siècle de son histoire, Paris, Publications scientifiques du Muséum (ISBN2-85653-516-X, lire en ligne [sur books.openedition.org]), p. 375-402 (voir § 36).
↑« Nécrologie », Revue encyclopédique, t. 5, , p. 319 (lire en ligne [sur gallica], consulté en ). Cité dans Antuszewicz.
↑Yves Antuszewicz, L'histoire de l'École centrale des arts et manufactures au travers du Grand Dictionnaire universel Larousse, 194 p. (lire en ligne [PDF] sur archives-histoire.centraliens.net).
↑[Baillon] Henri Baillon, Errorum Decaisneanorum graviorum vel minus cognitorum Centuria prima [« Le premier siècle des erreurs décaisnéennes, graves ou moins connues »], Paris, impr. Martinet, , 112 p. (lire en ligne [sur archive.org]).
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