Le club a été fondé le au restaurant Zum Braunen Mutz, sous le nom SC Rot Weiss[1]. L'année suivante, il est renommé HC Bâle Rotweiss.
Les membres fondateurs du club sont Peter C. Straumann, Dr. A. Stehlin, Alex Martignalia, E. Müry-Meyer, W.A.C. Kellerhals, Charly Bleile, « Suri » Kreis ainsi que quelques joueurs de hockey.
En 1989, il devient le HC Bâle/Petit-Huningue (EHC Basel/KLH), puis HC Bâle Dragons en 1994 et finalement HC Bâle en 2003. Au début de la saison 2010, il prend le nom de HC Bâle Sharks. Après sa faillite en 2014, le club reprend son nom de HC Bâle/Petit-Huningue, nom qu'il abandonne au profit de l'historique HC Bâle, dès la saison 2018-2019.
Le , le conseil d’administration déclare la faillite, ce qui provoque la mise au chômage de tout le personnel, y compris les joueurs et entraîneurs, et le club se voit retirer sa licence de jeu[2],[3]. Cette faillite n’est pas due à une insolvabilité ou à une mauvaise gestion de l’entreprise, mais à un manque de soutien populaire et à une faible visibilité dans sa région[2]. Cette faillite provoque un changement dans le calendrier de la Ligue nationale B, qui se retrouve amputée d’un de ces membres pour la saison 2014-2015[4]. Le club repart alors en 1re ligue.
En 2017, le HC Bâle/Petit-Huningue profite de la création de la MySports League pour évoluer à nouveau dans un championnat national. Il s'est directement qualifié pour la nouvelle 3e division suisse et y prend part dès la première saison de cette dernière.