Holly Springs a été fondée par des émigrés européens en 1836 sur un territoire occupé historiquement par les Amérindiens Chicachas. C'était un comptoir commercial pour les plantations de coton voisines. Dès 1837, elle est devenue le siège de la cour de justice.
En 1855, le chemin de fer Mississippi Central Railway, relie la ville à Grand Junction, dans le Tennessee et, à la fin du siècle, le chemin de fer Kansas City, Memphis et Birmingham voit sa construction s'achever et relier Holly Springs.
En 1878, les habitants ont subi une épidémie de fièvre jaune, durant laquelle 2 000 d'entre eux ont péri.
Personnalités
James F. Trotter (1802–1866), juge et Sénateur U.S., résidant à Holly Springs jusqu'à sa mort.
Spires Boling (1812–1880), architecte et constructeur.
Winfield S. Featherston (1820–1891), deux mandats à l'assemblée des U.S. Brigadier général Confédéré durant la Guerre de Sécession, politicien de l'État et juge à la Cour.
Absolom M. West (1818–1894), planteur, politicien, général de la guerre de Sécession et organisateur du travail, résidant à Holly Springs depuis la Guerre de Sécession jusqu'à sa mort.
Verina Morton Jones (1865–1943), médecin Afro-Américaine et la première femme à pratiquer la médecine de l’État. Médecin résident à Rust College.
Edward Hull « Boss » Crump (1874–1954), à la tête de l'organisation du parti Démocrate Democratic Party political à Memphis durant la première moitié du XXe siècle, né à Holly Springs
Kate Freeman Clark (1875–1957), peintre
Wall Doxey (1892–1962), politicien du Mississippi, représentant au Congrès et Sénateur des U.S. Le parc Wall Doxey State porte son nom.
Lation Scott (1893-1917), Afro-Américain victime de lynchage.
Irving Vendig (1902–1995), écrivain de télévision.
William Baskerville Hamilton (1908-1972), historien enseignant à l'école publique à Holly Springs dans les années 1930.
Clifton DeBerry (1924–2006), né à Holly Springs, premier Afro-Américain élu candidat pour la Présidence des U.S. par un parti politique (Travailleurs Socialistes, 1964, 1980).
Gary Montez Martin (1973–2019), auteur des tirs d'Aurora, Illinois (2019).
Syl Johnson (1936-2022), chanteur de blues et soul.
Robert Belfour (1940-2015), musicien de blues.
Cassi Davis (née en 1964), actrice.
Shepard Smith (né en 1964), journaliste américain pour NBC News et CNBC, né à Holly Springs.
Clinton LeSueur (né en 1969), politicien Républicain ; battu en 2002 et 2004 pour Mississippi's 2nd congressional district au profit du Démocrate Bennie Thompson