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Né à Mulhouse, Jérôme Haehnel quitte très vite son premier club de Dornach pour rejoindre celui de l'Illberg. À 16 ans, et pendant deux ans, il intègre l'INSEP où il fait son apprentissage du haut niveau avec Luigi Borfiga, Thierry Tulasne et Georges Goven. Vainqueur de la Coupe Davis Junior en 1996 (avec Julien Jeanpierre et Olivier Patience) et champion de France individuels juniors en 1998. Il remporte le double Junior de l'Open d'Australie avec Julien Jeanpierre en 1998. Il atteint la finale du premier tournoi Future auquel il participe avant d'en remporter un en . Dans la foulée, il rejoint le Centre National d'Entraînement où il est notamment suivi par Jérôme Potier jusqu'en .
Il crée la sensation à Roland-Garros en 2004 en battant le 6e mondial l'américain Andre Agassi en 3 sets alors qu'il est classé 271e. La même année lors de sa troisième participation dans un tournoi ATP, classé 185e mondial, il remporte l'Open de Moselle à Metz face à Richard Gasquet (alors 154e) en finale.
Le il atteint après une demi-finale au Challenger de Besançon sa meilleure place au classement ATP, 78e. En octobre, après quelques mois difficile, il remporte le challenger de Southampton, puis en 2006 celui de Genève, sur terre battue, en battant l'Australien Chris Guccione.
En , il représente la France à la Coupe Hopman aux côtés de Tatiana Golovin, il y bat Mardy Fish et Mark Philippoussis. Le mois suivant il atteint sa dernière finale de Challenger, à Cherbourg. En mai, il s'extirpe des qualifications à Roland-Garros, mais perd au premier tour contre Fernando Verdasco.
Blessé, il ne joue plus en tournoi de à . Son retour est très lent. Fin octobre, alors qu'il est 675e mondial, il atteint pour la première fois depuis Bâle 2007 le tableau final d'un tournoi ATP à Lyon. Il perd au premier tour contre Marc Gicquel et n'a plus joué en tournoi ATP depuis, bien qu'il n'ait jamais annoncé sa retraite et continue à jouer au niveau national pour le Tennis club de Paris. Au classement 2012 de la FFT (publié en ) il est 53e joueur français. En 2014 il échoue au premier tour des qualifications du tournoi Challenger de Cherbourg.
En junior il bat Roger Federer à Caracas en 1997 et Milan en 1998 ; le Suisse prend une double revanche, au tournoi junior de Wimbledon et de l'US Open en 1998.
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