Jacques Lewiner est le premier déposant de brevets privé français[5]. Il en a déposé plus de 1000[6] dont un nombre important a fait l'objet de développements industriels notamment dans les systèmes de télécommunications (norme DECT, Bluetooth), pour les claviers de saisie de données, ou les capteurs médicaux. Dans les années 1990, il collabore avec Thomson et Matsushita sur la technologie du micro-usinage du silicium mise au point par son équipe[7]. Il participe à la création de plusieurs startup dont Cynove, qui conçoit et commercialise des caméras de haute performance, Finsécur[8], Roowin[9] en chimie fine, Cytale (qui élabore le premier Cybook), Cytoo[10] en biologie cellulaire, Sculpteo[11] ou Inventel (produisant la Livebox). Inventel a été le leader français des passerelles multimédias pour les opérateurs de télécoms et aux fournisseurs d’accès Internet et a été racheté par Thomson en 2005. Il participe avec Jean-Louis Viovy à la création de la société Fluigent qui conçoit, fabrique et commercialise des systèmes de mise en mouvement de fluides dans des circuits microfluidiques.
Depuis 2011, Jacques Lewiner préside le fond d'innovation ESPCI Paris [13] qui encourage la création de start-up et vise à maintenir la compétitivité scientifique de l'école[14].
En 2012, il devient Doyen de l'Innovation et de l'Entrepreneuriat de la nouvelle Université de Recherche Paris Sciences et Lettres. L'objectif est de transformer l'excellence des recherches qui y sont menées en développements économiques par des prises de brevets, l'octroi de licences et surtout la création de start-up.