Hugenholtz et son épouse, Marianne Sophie van Rheineck Leyssius, ont été impliqués dans un accident de voiture à Zandvoort le . Sa femme est décédée immédiatement, et John a succombé à ses blessures deux mois plus tard à son domicile.
Leur fils, Hans Hugenholtz Jr., né en 1950, est un pilote de voiture de course.