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Professionnel en Espagne pendant quatre ans, José Adrián Bonilla est aujourd'hui le leader, en même temps que le directeur technique et porte-étendard, de son équipe Coopenae Economy Rent a Car, appelé Citi Economy, jusqu'à l'année dernière[2]. Au mois de , le propriétaire de l'équipe remercie son directeur sportif colombien Gustavo Wilches(es) et confie à Bonilla la direction de sa formation, sur son insistance, confie-t-il[3].
À la fin de l'année 2011, José Adrián Bonilla s'illustre dans les deux épreuves les plus importantes du calendrier cycliste costaricien. En novembre, lors de la XXIXeVuelta Internacional Higuito, il remporte deux étapes[4]. Il s'échappe avec le futur vainqueur Argiro Ospina dans les cinquième et septième étapes[5]. Ce dernier, satisfait de consolider son fauteuil de leader, ne lui conteste pas les victoires. Le dernier jour, il reprend près de trois minutes à Ospina et se classe finalement cinquième de l'épreuve[5].
Un mois plus tard, il s'impose pour la seconde fois, dans son Tour national, neuf ans après sa première victoire[1]. Lors du Tour du Costa Rica, épreuve de l'UCI America Tour 2012, il remporte deux étapes et le classement général final. Le dernier jour dans l'étape reine de l'épreuve, très montagneuse, il s'échappe avec Freddy Montaña et Óscar Soliz. Il distance, ainsi, son rival local Juan Carlos Rojas[1] et réussit à contrôler l'attaque de Montaña[6].
