1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 17 juillet 2022
Juan Carlos Unzué a joué dans plusieurs équipes du Championnat d'Espagne entre 1986 et 2003. Entre 2003 et 2010 il est entraîneur des gardiens du FC Barcelone. En il devient entraîneur de CD Numancia en deuxième division. En il revient entraîner les gardiens de la première équipe du FC Barcelone à la place de Carles Busquets.
En , il quitte le FC Barcelone pour devenir l'entraîneur du Racing de Santander. À la suite des problèmes financiers du club, il est démis de ses fonctions deux mois plus tard[1].
En , il devient l'assistant de Luis Enrique au Celta de Vigo. Après une bonne saison au Celta, Luis Enrique et Juan Carlos Unzué sont recrutés par le FC Barcelone en . Lors de la saison 2014-2015 avec le Barça, il réalise un triplé historique avec Luis Enrique (Ligue des champions, championnat et Coupe d'Espagne).
Fin , il devient entraîneur du Celta de Vigo. Il quitte le club au terme de la saison, son contrat n'ayant pas été renouvelé.