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Manama est mentionnée dans les chroniques islamiques au moins dès 1345. Conquise par les Portugais en 1521, puis par les Perses en 1602, elle est, depuis 1783, dirigée, avec de brèves interruptions, par la dynastie régnante d'Al Khalifa. En 1958, Manama est déclarée port franc et devient, en 1971, la capitale du royaume de Bahreïn indépendant.
Le nord de l'île de Bahreïn, la localisation de Manama, connaît une activité humaine depuis environ 5 000 ans, comme l'indiquent les restes trouvés près du fort de Bahreïn.
La civilisation de Dilmun fait de ce territoire sa capitale, enterrant ses morts plus au sud, à A'ali. Les habitants sont rapidement conquis par une série d'envahisseurs : les Assyriens, les Achéménides (Perses) et les Macédoniens (Grecs) dans l'Antiquité, puis les Arabes au VIIe siècle. Pendant ces siècles, l'endroit est un comptoir dont l'importance dépend de l'empire dominant.
Les habitants de Manama adoptent l'islam au VIIe siècle.
Manama est mentionnée dans les chroniques islamiques au moins dès 1345. Elle est conquise par le Portugal en 1521. Le fort de Bahreïn est construit à cette époque, probablement pour se défendre de l'Empire perse. L'île change cependant de mains entre le Portugal, la Perse et Oman, pendant les deux siècles suivants. À la suite de la victoire perse finale, en 1783, la dynastied'Al Khalifa, provenant du Qatar, prend le contrôle de toute l'île.
Historiquement, Manama était limitée au souk et au fort (actuel ministère de l'Intérieur) au sud.
La ville englobe désormais plusieurs banlieues récentes et villages anciens.
Climat
Manama possède un climat désertique. Comme le reste de Bahreïn, la ville connaît des conditions climatiques extrêmes, avec des températures estivales atteignant 48 °C et des températures hivernales descendant à 15 °C, avec de la grêle en de rares occasions. Les températures moyennes en été et en hiver s'étendent entre 17 °C et 45 °C.
La capitale accueille, à peu près, sept millions de visiteurs par an, pour de courts séjours, venus principalement du Moyen-Orient : tourisme de curiosité, d'affaires, de luxe, de médecine, et de culture. En 2012, Manama devient « Capitale arabe de la culture ».
Manama est une ville à l'américaine, par et pour l'automobile. Les promenades piétonnes sont incongrues, ou réservées à des zones très limitées, entre lesquelles le transport se fait en voiture, même pour des sauts de puce. Le système de taxis est très efficace, même si la circulation en ville est régulièrement perturbée par les zones de travaux, et les embouteillages qui en résultent.