Leur mariage est malheureux. Après la naissance de leur quatrième fille, le prince Frédéric-Charles aurait battu sa femme pour ne pas lui avoir donné un fils. Selon une source, c'est uniquement par les instances de Guillaume Ier qu'une séparation n'est jamais intervenue.
Pourtant, la princesse Marie-Anne est considérée par ses contemporains comme l'une des plus belles femmes de sa génération. Elle possède un remarquable talent pour la musique et la peinture, et a souvent conseillé des jeunes filles quand elles sont entrées dans la société. La princesse Marie-Anne devient presque sourde. Selon son amie la princesse Catherine Radziwill, ce handicap "l'a amenée à montrer une extrême timidité et de la gêne à chaque fois qu'elle s'est trouvée en compagnie". La princesse Radziwill est allé à dire toutefois que "lorsque Marie-Anne est seule avec vous et qu'elle n'est pas dérangée par le bruit de beaucoup de conversations autour d'elle, elle est tout à fait charmante et vraiment pleine d'esprit".
Veuvage et mort
Son mari le Prince Frédéric-Charles est décédé le . Après sa mort, Marie-Anne quitte Berlin pour l'Italie, en restant principalement à Naples, à Rome et à Florence. les rumeurs ont couru que Marie Anne avait contracté un mariage morganatique avec le capitaine von Wagenheim, l'un de ses écuyers.
