Elle a remporté de nombreux premiers prix lors de concours nationaux et internationaux à Bruxelles, Gand, Paris, Eindhoven… Elle est également lauréate du célèbre tournoi Eurovision de la musique classique (1992). En 1992, elle reçoit les diplômes d'honneur du Mozarteum de Salzbourg et de l'Accademia Chigiana de Sienne. En 1993, elle devient lauréate de la Fondation belge de la vocation, et en 1996 l'association Juventus (association regroupant chaque année des jeunes de 18 à 26 ans sélectionnés parmi les talents les plus prometteurs de l'Europe entière) la choisit parmi ses lauréats.
Elle est également bénéficiaire d'une bourse de la fondation Emile Bernheim.
En 2000, Marie Hallynck a fait ses débuts en récital au Carnegie Hall de New York ainsi qu'à la Philharmonie de Berlin en soliste, où elle a été immédiatement réinvitée l'année suivante.
En 2001, l'association des salles de concerts européennes la choisit comme Rising Star et, en 2002, l'union de la presse musicale belge la nomme Soliste de l'année (prix qu'ont reçu des artistes confirmés tels que Gidon Kremer, Antonio Pappano ou Philippe Herreweghe).
En 2017, Marie Hallynck est membre du jury du Concours reine Élisabeth, une reconnaissance considérable pour sa carrière[1].
En , une expérience sociale menée par l'émission On n'est pas des pigeons, la mène à jouer durant 30 minutes en pleine heure de pointe et déguisée en mendiante dans la station de métro Gare du Midi. Au total 1 553 personnes passeront, seulement 6 marqueront l'arrêt et elle ne récoltera que 7,58 €. Une deuxième partie de l'expérience la fait auditionner devant un jury destiné aux artistes de rue, son talent est salué mais elle n'est pas reconnue. Elle déclarera par la suite « Ça m'a renvoyé à moi-même. On se rend compte à quel point nous sommes programmés. On a tous ce côté « homme-robot ». Il n'y a pas de place pour une forme de curiosité qui pourrait nous détourner de ce pourquoi nous sommes programmés[2]. »
Marie Hallynck joue sur un violoncelle de Matteo Goffriller, datant de 1717.