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Elle était l'épouse d'Henri II, fils du duc Henri Ier de Brabant. Morte six mois avant que son mari ne devienne duc, elle n'a jamais été duchesse consort de Brabant.
En 1208, à l'âge de 7 ans, elle perd son père et sa mère en quelques jours : dans la lutte pour le trône du Saint-Empire, son père meurt assassiné par le comte Othon de Wittelsbach le , et sa mère décède deux mois plus tard des suites de l'accouchement de son dernier enfant, une fille mort née.
Mariage et descendance
Fiancée depuis son enfance, elle épouse peu avant le Henri II (1207-1248), fils aîné du duc Henri Ier de Brabant issu de la maison de Louvain et de Mathilde de Boulogne, héritier du duché de Brabant et du titre de duc de Lothier. Le mariage a eu pour toile de fond les longues combats pour le pouvoir entre les dynasties des Hohenstaufen et des Welf. Le beau-père de Marie, Henri Ier, a utilisé le conflit pour servir ses propres intérêts. Il a initialement décidé de soutenir Otton de Brunswick, fiancé de sa fille Marie de Brabant, qui néanmoins perd en influence, ce qui l'a mené à changer le camp.
Marie de Hohenstaufen meurt le 29 mars 1235 à Louvain, cinq jours avant son 34e anniversaire. Moins de six mois plus tard, son mari succédait à son père à la tête du duché de Brabant. Il épouse en secondes noces Sophie, fille du landgrave Louis IV de Thuringe.
