La première édition de Merck's Index a été publiée en 1889 par l'entreprise chimique allemande Emanuel Merck et était principalement utilisée comme catalogue de vente pour la liste croissante des produits chimiques vendus par Merck[2]. La filiale américaine a été créée deux ans plus tard et a continué à la publier. Pendant la Première Guerre mondiale, le gouvernement américain s'est emparé des activités américaines de Merck et en a fait une société américaine distincte, "Merck & Co.", qui a continué à publier la Merck Index.
En 2012, la Merck Index a été concédée sous licence à la Royal Society of Chemistry[3]. Une version en ligne de The Merck Index, incluant les notices historiques et les nouvelles mises à jour qui ne figurent pas dans l'édition imprimée[1], est disponible dans les bibliothèques de recherche. Elle comprend également une annexe avec des monographies sur les name reactions organiques.
L'édition actuelle, la 15e, est publiée en .
Les monographies de The Merck Index contiennent généralement[1] :