Né à Fredericia, Mikkel Honoré (sa famille paternelle est d'ascendance huguenotte[1]) commence le cyclisme à l'âge de sept ans, suivant ainsi les traces de son grand-père, ancien cycliste. Durant sa carrière amateur, il mène des études au Danemark pour obtenir un master de marketing et innovation du collège international de commerce[2].
Après deux ans passés en Belgique en 2018, il rejoint l'équipe continentale danoise Virtu Cycling, avec qui, il remporte en mai le Circuit de Wallonie en Belgique. En août, il rejoint l'équipe World Tour belge Quick-Step Floors en tant que stagiaire. En 2019, il signe un contrat professionnel au sein de la formation devenue entre-temps Deceuninck-Quick Step. En mai, il court son premier grand tour et se classe 101e du Tour d'Italie.
Au mois d'août 2020, il se classe treizième du championnat du Danemark de cyclisme sur route[5] et seizième de la Brussels Cycling Classic[6].