En 2012, il est pendant un mois stagiaire chez l'équipe amateur française Vendée U[2]. Il est engagé par Europcar pour la saison 2013. En avril, il remporte la 3e étape du Tour de Turquie et le classement général après le déclassement de Mustafa Sayar, contrôlé positif lors du Tour d'Algérie.
Natnael Berhane est recruté en 2015 par l'équipe sud-africaine MTN-Qhubeka. Aux championnats d'Afrique, en janvier, il est à nouveau médaillé d'or du contre-la-montre par équipes avec la formation érythréenne, et sixième de la course en ligne. En juin, il est champion d'Érythrée sur route, et troisième du championnat national contre-la-montre. Fin 2015 il prolonge le contrat qui le lie à son employeur[5].
↑Mustafa Sayar, initialement vainqueur, a été déclassé en janvier 2014 par la fédération turque de cyclisme. Natnael Berhane, initialement deuxième, est déclaré vainqueur.