Abandonnant leur caractère érémitique, ses moines deviennent d'importants instruments de culture et de civilisation au sein des populations des territoires disputés entre Lombards, Byzantins, Arabes et Normands. Le monastère de Grottaferrata étend rapidement ses possessions même en dehors du territoire du Tusculum et son abbé est à la tête d'un vaste fief : Roger Ier de Sicile lui confère le titre de baron de Rossano. Les guerres entre les Romains et les Toscans à la fin du XIIe siècle entament le processus de décadence du monastère.
Après la conquête normande de l'Italie du Sud, les nouveaux dirigeants soupçonnent les moines italo-grecs d'être favorables aux empereurs d'Orient et confient leurs monastères aux Bénédictins, ou les affilient aux communautés de rite latin, mais continuent à les soutenir en raison du prestige de ces moines auprès des populations locales.
Roger II de Sicile charge Barthélémy de Simeri de fonder un monastère du Saint-Sauveur à Messine et, en 1131, place sous sa juridiction les higoumènes de tous les monastères basiliens de Sicile ; ce système fédératif est étendu par Guillaume II aux monastères de Calabre et de Lucanie, et le siège de l'archimandrite est établi au monastère des Saints Élie et Anastase à Carbone. Peu à peu, la tradition monastique gréco-italique décline, surtout après la séparation des Églises d'Orient et d'Occident de 1054 : les monastères ne ferment pas, mais l'un après l'autre, choisissent l'obédience de l'Église de Rome puis passent au rite latin après un temps variable.
Formés dans le rite latin, les abbés de Grottaferrata, Pierre Minniti et Joseph Del Pozzo demandent aux papes, respectivement à Clément XI en 1709 et à Benoît XIV en 1746, de supprimer le rite byzantin dans les monastères de l'ordre, mais ces demandes, impopulaires auprès des fidèles, sont rejetées et ne seront concrétisées qu'au milieu du XIXe siècle, lorsque de nombreux monastères du royaume de Naples adoptent d'eux-mêmes le rite latin. L'ordre est alors en grand déclin, culminant en 1866 avec les lois de la maison de Savoie : seul le monastère de Grottaferrata, lui aussi passé au rite latin, y reste affilié. Le décret du y restaure le rite grec : les nouvelles constitutions religieuses des basiliens d'Italie sont approuvées pour la première fois en 1900 et, après quelques modifications apportées par la congrégation pour les Églises orientales le , les Basiliens prennent en 1920 possession du monastère de Mezzojuso, puis fondent celui de San Basile en 1932 et celui de Piana degli Albanesi en 1949.
