Louis XI de France avait également des visées sur ces États, parmi les plus riches de l'Europe du XVe siècle. A l'aube du XVIe siècle, l'ensemble des Pays-Bas regroupe 303 villes, 6 579 villages et environ deux millions d'habitants.
Marie chercha l'appui des États généraux des Pays-Bas. Ceux-ci étaient favorables à un rapprochement avec les Habsbourg, déjà envisagé par le Téméraire, pour contrecarrer Louis XI qui était déjà en train d'envahir le duché et le comté de Bourgogne, l'Artois et la Flandre. Mais les Pays-Bas étaient en crise : les villes se révoltaient contre le centralisme économique et administratif voulu par les ducs. Marie, menacée, octroya aux États généraux le une charte de droits : le Grand Privilège.
Toujours la même année, la belle-mère de Marie, Marguerite d'York, organisa son mariage avec Maximilien de Habsbourg.
Mais la fille de Charles le Téméraire ne régna que cinq ans. Le , Marie mourut à 25 ans à la suite d'une chute de cheval. Elle fut enterrée à l'église Notre-Dame deBruges.
La succession de Marie de Bourgogne
L'État bourguignon revint à son fils, le futur Philippe le Beau alors âgé de trois ans. Son père Maximilien assura la régence, contestée par les villes flamandes.
Le règne de Charles Quint
Charles Quint, fils de Philippe et de Jeanne Ire d'Espagne, naquit à Gand en 1500. Il bénéficiait de l'héritage des maisons de Bourgogne, d'Autriche, d'Aragon et de Castille. Ainsi porta-t-il les titres suivants :
Le , affaibli par la vieillesse et les maladies, aigri par les revers, l'empereur abdiqua solennellement, dans la grande salle du palais du Coudenberg à Bruxelles, mettant fin à son règne en tant que duc de Bourgogne. Les Pays-Bas, puis le comté de Bourgogne (Franche-Comté), allèrent à son fils Philippe.
Quelques mois plus tard, le , il transmit également à son fils Philippe son héritage espagnol, tandis que les possessions autrichiennes et la dignité impériale, après élection (), revinrent à son frère cadet Ferdinand Ier.