À son retour à Santa Fe, l'audience royale le charge de pacifier le pays des Muzos, peuple colombien de la zone occidentale du département de Boyacá, dans le centre du pays. Battant les Muzos, Ursúa fonde la ville de Tudela, laquelle est détruite peu de temps après par les indiens vaincus. Ursúa accepte ensuite la charge de grand justicier à Santa Marta avec l'objectif de pacifier les Tayrones, peuple précolombien de la famille Chibcha. À son retour son oncle Armendáriz est assigné à résidence et des accusations pèsent pendant quelque temps sur Ursúa en personne, sans que cela ne gène trop sa carrière.
En effet, il est de nouveau nommé grand justicier au service d'Andres Hurtado de Mendoza, premier marquis de Cañete, qui vient d'être nommé nouveau vice-roi du Pérou, avec l'objectif de réprimer la rébellion des Cimarrons au Panama menée par Bayano[3]. À la suite d'une épuisante campagne qui aboutit a une négociation finale entre les Espagnols et les Cimarrons, le leader de ces derniers, Bayano, est arrêté et jugé en Espagne.
À la suite du succès de l'expédition, Ursúa accompagne Hurtado de Mendoza à Lima. Il organise là-bas une expédition pour trouver l'Eldorado par la rivière Marañón, découverte quelques années plus tôt par Francisco de Orellana. À l'instigation de Lope de Aguirre, plusieurs expéditionnaires attaquent Ursúa le , le tuant ainsi que sa maîtresse doñaInés de Atienza, qu'il avait emmenée avec lui. Aguirre prend ensuite la direction de l'expédition, qu'il continue en se proclamant en rébellion contre la couronne d'Espagne.
↑Ramón Zallo, Les basques, aujourd'hui : culture, histoire et société à l'ère de la diversité et de la connaissance [« El pueblo vasco, hoy »], Irun, Alberdania, coll. « Ensayo, 33. », , 318 p. (ISBN9788496643581 et 8496643581, OCLC434506467), p. 279
Jean Amsler, La Renaissance (1415-1600), tome II de Histoire Universelle des Explorations publiée sous la direction de L.-H. Parias, Paris, Nouvelle Librairie de France, 1957, p. 294.
(es) Ingrid Galster, Aguirre o La posteridad arbitraria. La rebelión del conquistador vasco Lope de Aguirre en historiografía y ficción histórica (1561-1992), Ed. Universidad del Rosario et Ed. Universidad Javeriana, Colombie, 2011, (ISBN978-958-738-204-4) (aussi disponible sous forme d'e-book).
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