Les Thrashers choisirent 26 joueurs, soit un de chaque équipe de la ligue excluant les Predators de Nashville puisque ceux-ci n'en étaient qu'à leur seconde saison. Chacune des équipes de la ligue avait alors deux possibilités afin de protéger leurs joueurs pour éviter que les Thrashers ne puissent les sélectionner : la première possibilité permettait aux équipes de protéger un gardiens de but, cinq défenseurs et neuf attaquants. La deuxième possibilité était de protéger deux gardiens, trois défenseurs et sept attaquants. De plus, les équipes de la ligue ayant perdu un gardien de but lors du repêchage d'expansion de 1998 se voyaient alors automatiquement assurées de conserver leurs gardiens.
Parmi tous les joueurs qui ne furent protégés par leurs équipes respectives, les Thrashers devaient sélectionner au moins trois gardiens, huit défenseurs et treize attaquants.
Choix des Thrashers d'Atlanta
Les choix sont listés par le nom de l'équipe pour qui les joueurs évoluaient lors de leurs sélections par Atlanta et non par l'ordre qu'ils furent réclamés.
Afin de s'assurer de conserver certains de leurs joueurs non protégés en vue du repêchage d'expansion, quelques équipes concluent des ententes de principes avec les Thrashers, ces derniers assurant les équipes de ne pas réclamer un joueur en particulier. En retour, les Thrashers obtenant un joueur supplémentaire par voie de transaction. Toutes ces transactions sont effectuées en retour de compensations futures.
