En 1999, la LNH procéda à un repêchage d'expansion. Cloutier fut alors sélectionné par les Thrashers d'Atlanta. Il ne réussit pas à se tailler un poste et il a été échangé aux Devils du New Jersey en . Mis à part les 7 matches joués en 1998-1999, il joua le reste de sa carrière dans les mineures et en Europe où il termina sa carrière à la fin de la saison 2007-2008.