Rubén Pérez évolue en 2003 et 2004 dans l'équipe Orbea-Olarra-Consultec, aux côtés notamment de Igor Antón. En 2005, cette équipe devient l'équipe continentaleOrbea, réserve de l'équipe ProTour Euskaltel-Euskadi. Au mois de mai, il se classe huitième de la Clásica Memorial Txuma et seizième du GP Llodio. En août, il intègre l'équipe Euskaltel-Euskadi.
Il arrête sa carrière en fin d'année 2013, avec la dissolution de l'équipe Euskaltel Euskadi.
En 2016, il devient directeur sportif de l'équipe Euskadi Basque Country-Murias[2]. En , il rejoint la formation Burgos-BH comme nouveau directeur sportif[3].
