Au début de la Seconde Guerre mondiale, il quitte Mir pour aller à Vilnius, en Lituanie. Le but est d'obtenir un visa pour voyager à l'extérieur. Le processus prend trois semaines. Ayant reçu, comme les autres membres de la yechiva. un visa pour Curaçao, dans les Caraibes, il reçoit comme les autres un visa de voyage du consul du Japon à Kaunas, en Lituanie, Chiune Sugihara.
Lorsque le rabbin Avraham Kalmanowitz meurt en 1964, Shmuel Berenbaum lui succède comme Rosh yeshiva.
Après sa première attaque cardiaque, un autre prénom lui est ajouté celui de Refoel (inscrit plus tard également sur sa tombe).
Shmuel Berenbaum meurt le (28 Tevet 5768), à son domicile, des suites d'un cancer de l'estomac, à l'âge de 87 ans. Ses funérailles ont lieu à la Yechiva de Mir, en présence de milliers de personnes. Sa dépouille est transférée à Jérusalem où il est enterré au cimetière de Sanhédriah.
Son épouse, Reichel Berenbaum, meurt à Lakewood (New Jersey), samedi soir, le . à l'âge de 89 ans[6],[7]. Elle est enterrée au cimetière de Sanhédriah, où son père, son époux et deux de ses fils, le rabbin Chaim Shlomo Berenbaum et le rabbin Leib Berenbaum sont aussi enterrés[5].
(en) Elchonon Jacobowitz (Rabbi). Rav Shmuel. A Glimpse into the Life and Legacy of the Mirer Rosh Yeshiva, HaRav Refael Shmuel Berenbaum zt"l. Feldheim Publishers. (ISBN9781680252927)[9]
