Le à Prague, Sophie épouse le roi Venceslas. Ils sont probablement mariés par l'évêque Jan, chancelier du roi, car Venceslas est alors en conflit avec l'archevêque Jan VI de Prague. Ce qui prive Sophie de couronnement car elle ne pouvait l'être que par un archevêque. Venceslas célèbre son union en faisant établir plusieurs très bons manuscrits de la Bible de Wenceslas.
La reine Sopie et son confesseur Jean Népomucène (1602).
Leur relation conjugale est décrite comme heureuse initialement ; néanmoins, Sophie ne parvient pas à détourner le roi de son alcoolisme et, plus décevant, le couple demeure sans enfant. En mars 1393, son confesseur Jean Népomucène a été torturé et meurt jeté du pont Charles dans la Moldau. Selon la légende largement développée ensuite par les Jésuites lors de la Contre-Réforme au XVIe siècle, pour avoir refusé de révéler la confession de la reine. En fait son assassinat serait lié à l'exaspération du conflit entre le roi Venceslas et l'archevêque de Prague Jan z Jenštejna[réf. nécessaire]. Sophie ne fut couronnée reine de Bohême que le ; son mari n'était pas présent.
En 1402/1403 lors de la révolte des nobles du royaume de Bohême et pendant l'emprisonnement de son époux par son demi-frère cadet Sigismond, la reine Sophie réside à Hradec Králové. Comme Venceslas, elle est au début favorable à Jan Hus dont elle suit le sermon à la chapelle de Bethléem et à qui elle accorde sa protection, fait qui lui est largement reprochée plus tard. Après que les thèses Jan Hus ont été rejetées par le pape Grégoire XII en 1410, comme la cour royale elle lui retire son soutien[1]. Elle était toutefois convaincue que l'exécution de Jan Hus au concile de Constance, en 1415, conduirait à une émeute qui sera plus tard visible lors des croisades contre les hussites.
Régente et reine douairière
Venceslas meurt brutalement le . Sophie cherche la protection de son beau-frère Sigismond, roi de Hongrie, qui réclame le trône de Bohême et qu'elle appuie. Pendant cette période Sophie de Bavière est de factorégente de Bohême. Elle proclame en vain en octobre 1419 une trêve générale pour tenter d'arrêter les violences qui commencent à se répandre contre les Allemands hostiles à la communion sous les deux espèces pour les laïcs. Cette dernière est interdite par la force dans les églises et couvents de Prague. Alors que les assemblées populaires se tenaient en dehors de la cité avant d'aller s'établir près de Bechyně dans un lieu qu'ils rebaptisent Tábor[2]. Sophie de Bavière perd rapidement toute autorité.
Au cours de l'été 1420, Sigismond malgré l'appui du margrave Frédéric IV de Misnie et le duc Albert V d'Autriche ne parvient pas à s'emparer de Prague et il se fait couronner en hâte roi de Bohême le à Hradčany. Selon certaines calomnies, Sophie et Sigismond auraient eu une liaison. Cependant la reine douairière de Bohême envisage un moment de se remarier peut-être avec Ladislas II Jagellon, roi de Pologne, mais elle meurt retirée à Presbourg le . Elle fut enterrée dans la cathédrale Saint-Martin.
