La série raconte l'histoire de Peter Parker, âgé de 19 ans, lors de sa première année à l'Empire State University, et de son alter-ego de Spider-Man. Quand l'histoire commence, Peter a déjà acquis ses pouvoirs depuis quatre ans, est célibataire et photographe à temps partiel pour le Daily Bugle. La première saison nous présente la plupart des ennemis classiques de Spider-Man, dont le Caïd, Le Bouffon Vert, Le Lézard, Le Scorpion, le Dr Octopus, Mysterio, Rhino, le Shocker, Le Vautour et Le Caméléon, ainsi que des apparitions plus récentes, telles que Venom, Carnage, et le Super-Bouffon (appelé Faux-Bouffon-Vert dans la série). Spider-Man affronte aussi à la fin de la série Spider-Carnage, appelé Carnage dans la série (un ennemi peu connu). Durant la série, Peter Parker entretient des relations avec Mary Jane Watson, ainsi que Felicia Hardy et son alter ego, la Chatte Noire.
Peter Parker/Spider-Man : photographe pour le Daily Buggle. Justicier qui veut aider les gens grâce à ses pouvoirs équivalent aux aptitudes d'une araignée.
Mary Jane Watson : actrice et connaissance de tante May, elle fait la connaissance de Peter et tous les deux tombent amoureux l'un de l'autre. (41 épisodes)
Tante May : tante aimante et fragile de Peter. Elle n'apprécie pas Spider-Man ne se doutant pas qu'il s'agit de son neveu. (35 épisodes)
Wilson Fisk : puissant homme d'affaires corrompu qui cherche à nuire à l'homme araignée. Il se fait appeler le Caïd. (33 épisodes)
J.Jonah Jameson : Rédacteur en chef du Daily Buggle, il déteste Spider-Man. Sa femme a été assassinée par un homme masqué. C'est la raison pour laquelle il déteste tous ceux qui portent un masque, y compris Spider-Man. (32 épisodes)
Felicia Hardy : fille d'une riche femme d'affaires, Félicia flirte plus ou moins avec Peter et Flash. Après avoir été enlevée par le Doctor Octopus, elle développe à la suite d'une formule expérimentale, des pouvoirs (Force et agilité) et devient la Chatte Noire. (31 épisodes)
Récurrents
Robbie Robertson : journaliste au Daily Buggle. Il sait que Spider-Man est un vrai héros et le défend continuellement contre son patron et ami Jonah Jameson. (25 épisodes)
Curtis Connors : scientifique et professeur, il deviendra un énorme lézard en tentant de faire repousser son bras. (23 épisodes)
Harry Osborn : meilleur ami de Flash Thompson, il demande à Peter de devenir son colocataire. (21 épisodes)
Alistair Smythe : à la suite de la mort de son père après avoir échoué de vaincre Spider-Man, Alistair s'associe avec le Caid pour anéantir l'homme araignée. (18 épisodes)
Flash Thompson : ancien camarade de classe de Peter qui le brutalisait au lycée, il devient ami avec Harry Osborn et flirte avec Félicia et Debra. (16 épisodes)
Debra Whitman : amie de Peter aimant la science et très intelligente. Elle est la sœur qu'il n'a jamais eu. (15 épisodes)
Anna Watson : tante de Mary-Jane et meilleure amie de Tante May. (14 épisodes)
Terri Lee : officier de police, elle défendra Spider-Man lorsque celui-ci sera accusé d'être un voleur. (13 épisodes)
Norman Osborn : père froid d'Harry et directeur de l'entreprise Osborn. Le bouffon vert. (13 épisodes)
Madame Web : alliée de Spider-Man venant d'un autre monde. (12 épisodes)
Eddie Brock : reporter au Daily Buggle, il deviendra Venom. (11 épisodes)
Liz Allen : ancienne camarade de classe de Peter. Elle est devenue la meilleure amie de Mary-Jane et aime beaucoup Harry Osborn. (7 épisodes)
La série animée a été en partie éditée en VHS entre 1996 et 1999 par TF1 Vidéo. Chaque VHS contient 3 épisodes.
Spider-Man et les Araignées Robots
Spider-Man s'affaiblit
Spider-Man contre Mystério
Spider-Man contre le Bouffon Vert
Spider-Man et les Trous Noirs
Spider-Man face à Venom
Spider-Man est pris au Piège
Spider-Man et les Extra-Terrestres
Spider-Man et l'Octorobot
Spider-Man et les X-Men
Spider-Man contre Morbius
Spider-Man et le Chasseur de Vampires
Spider-Man contre l'homme Oiseau
Spider-Man et la Piqure du Scorpion
Spider-Man Rencontre le Chat
Spider-Man et les Combattants Oubliés
Spider-Man et le Retour du Bouffon Vert
Spider-Man retrouve Kraven
Spider-Man et Le Roi des Lézards
En DVD
La série a été intégralement éditée en 11 DVD, sorties de 2009 à 2012, toujours éditée par TF1 Vidéo. Chaque DVD contient 6 épisodes sauf le onzième qui en contient 5.
Les Araignées-robots
La Vengeance du Bouffon Vert
Le Jour du Caméléon
Spider-Man contre Morbius
L'Attaque de l'Octorobot
Le Retour de Daredevil
L'Indestructible Venom
Spider-Man contre Kraven
Le Roi des Lézards
Captain America et les 6 Combattants Oubliés
Le Dernier Combat
Note 1 : Les DVDs 4 et 5 comportent un problème de chronologie. Le DVD 4 contient les épisodes 19, 20, 21, 24, 25, 22. Et le DVD 5 contient les épisodes 23, 26, 27, 28, 29, 30.
Note 2 : Dans le coffret DVD, l'épisode Le Rôdeur dispose du même titre que l'épisode Une bonne leçon. Bien que ces deux épisodes possèdent le même titre, ce sont bien deux épisodes différents.
Commentaires
La série reste incomplète car certaines intrigues n'ont pas été résolues : par exemple, Spider-Man ignore toujours l'identité de la Chatte Noire.
Venom, Captain America et Mary Jane Watson restent toujours coincés dans une autre dimension. Dans le dernier épisode, Spider-Man était supposé retrouver Mary Jane qui avait été emportée dans une autre dimension, mais l'épisode se termine avant même que Spider-Man ait réussi à la retrouver même si on peut supposer que Madame Web l'ait aidé à la retrouver. Dans ce cas, le sort final de Venom et de Captain America restent inconnus. Cependant la serie X-Men ’97, donc la suite de la serie X-Men de 1992, montre une scène ou Peter et Mary Jane sont ensembles, ce qui est censé confirmer qu'ils ont enfin pu se retrouver.
Du côté des Méchants : Hydro-Man, Mysterio et son amante Miranda Wilson, ainsi que le Caméléon sont morts. Crâne Rouge et Electro sont prisonniers dans une boucle temporelle pour toujours. Dormammu est prisonnier de sa dimension avec Carnage. Le Bouffon Vert (Norman Osborn) est prisonnier d'une autre dimension et Harry est à l'hôpital pour se faire soigner. Wilson Fisk / le Caïd ainsi que son fils Richard, Tombstone et le Super-Bouffon sont en prison. Enfin, Kraven devient l'ami de Spiderman et part vivre heureux avec Maria Crawford, le Lézard est guéri et redevient le Dr. Curt Connors l'ami de Spiderman, Blade et Morbius deviennent aussi amis avec Spiderman et partent avec la Chatte Noire à la recherche de Miriam (la mère de Blade).
Cependant plusieurs méchants sont toujours en liberté : Docteur Octopus, Scorpion, Rhino, Shocker, le Vautour, Mordo et Miriam Brooks.
Enfin le sort final de certains méchants reste inconnu : Alisa Silvermane, son père, Herbet Landon, Hammerhead, Alistair Smythe, (c'est inconnu s'il restera un mutant cyborg ou redeviendra un simple être humain), son père Spencer Smythe est toujours en suspension cryogénique, (c'est inconnu si son fils réussira à le ramener), et le docteur Miles Warren. The Owl est présumé tué hors de l'écran durant la Guerre des Gangs de New York.