La station est fondée au sein du nouveau Musée-Aquarium d'Arcachon[3] par Jean Gustave Hameau, médecin et maire de la Teste-de-Buch, fils de Jean Hameau, et Xavier Mouls, premier curé de la paroisse d'Arcachon[a], tous deux membres importants de la jeune Société scientifique d'Arcachon fondée quatre ans auparavant[4] par Mouls.
Dans les années 1880, la station agrandit ses laboratoires en faisant construire de nouveaux bâtiments contenant des salles de travail, ainsi que des chambres pour héberger des chercheurs[3].
Rattachement à l'université de Bordeaux
À partir de 1891, la station est rattachée à l'université de Bordeaux et dorénavant dirigée par un professeur de la faculté de médecine ou de la faculté des sciences[2].
Dès cette époque, la station est le lieu de recherche sur la biologie du système nerveux des poissons et notamment de la torpille. Des études sur la conduction du nerf y sont réalisées dès 1882[5].
En 1909 commence la publication du Bulletin de la station biologique d'Arcachon, qui se poursuivra jusqu'en 1991[6].
L'étude sur la torpille est poursuivie dans les années 1960 par Victor P. Whittaker[9] qui se rend à son tour à la station pour en étudier l'organe électrique. Les années 1970 connaissent une profusion d'études sur la torpille à la suite des travaux de Jean Cartaud et Jean-Pierre Changeux[5].
↑ a et bF. Bernard, « Le Laboratoire de zoologie de la Société scientifique d'Arcachon », La Nature, no Quinzième année, vol.1, premier semestre 1887 (lire en ligne)
Jérôme Pierrel, « La Torpille et l'Aplysie d'après les registres de la station marine d'Arcachon », Bulletin d’histoire et d’épistémologie des sciences de la vie, (BNF34545789, DOI10.3917/BHESV.292.0167, lire en ligne)..