Il est président de l'Assemblée de Macédoine entre 1991 et 1996, puis de 2000 à 2002. C'est à ce titre qu'en 1995, il occupe pendant six semaines les fonctions de président de la République par intérim.
Sous le régime communiste, Stojan Andov exerce de nombreuses responsabilités.
Il occupera notamment le poste de vice-président du conseil exécutif de la république socialiste de Macédoine. Il sera ensuite représentant macédonien à la Chambre des Républiques et membre du gouvernement fédéral pendant trois mandats.
En outre, il participe aux négociations entre la Yougoslavie et la Communauté économique européenne entre 1971 et 1987[2]. Il est ensuite nommé ambassadeur en Irak, un poste qu'il conserve jusqu'en 1991.
Président de l'Assemblée de Macédoine
En 1990, Stojan Andov fonde le Parti libéral de Macédoine et se présente, en , aux premières élections législatives libres de la république socialiste de Macédoine. Devenu député, Stojan Andov est élu président de l'Assemblée le , à 55 ans. À ce poste, il supervise tout le processus amenant le pays à la proclamation de son indépendance le .
Il est confirmé dans ses fonctions après les élections législatives de 1994. Le , il est chargé de l'intérim des fonctions du président de la République après que Kiro Gligorov a été victime d'un attentat. Il lui rend ses pouvoirs le .
Remplacé par le social-démocrate Tito Petkovski le , il conserve son mandat parlementaire en 1998. Il se présente l'année suivante à l'élection présidentielle du . Il totalise 111 983 voix au premier tour, soit 10 % des suffrages exprimés, terminant en cinquième position.
Il retrouve la présidence de l'Assemblée le et l'occupe jusqu'aux élections législatives de 2002, remportées par les sociaux-démocrates.
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