Il rejoint le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE) comme diplomate en 1987[1]. Il y obtient, entre 1989 et 1993 la position de vice-directeur de la section responsable du droit international. En 1993, il rejoint l'ambassade de Suisse à Washington. En 1994, il est nommé secrétaire général suppléant du DFAE en Suisse par le Conseil fédéral[1]. À ce titre, il est nommé le comme chef de la task force chargée de travailler sur les avoirs en déshérence des victimes des nazis lors de la Seconde Guerre mondiale[2].
Il est ensuite nommé comme ambassadeur de Suisse à Berlin le et prend ses fonctions le de la même année[3]. À ce poste, et contrairement à la majorité de ses collègues, il est souvent cité dans la presse de boulevard, pour son style volontairement négligé ainsi qu'à la suite de son mariage avec Shawne Fielding, ancienne reine de beauté et actrice[1]. Le couple, très populaire à Berlin, véhicule alors une image de jet-set que cela soit lors de l'organisation de réceptions ou dans les différentes émissions de télévision où ils apparaissent.
En , le magazine de boulevard Blick dévoile, photos à l'appui, une relation que Thomas Borer aurait avec Djamila Rowe, qui aurait été reçue, d'après le journal, à plusieurs reprises à l'ambassade en l'absence de Shawne Fielding[4]. Ces informations ont été confirmées dans un premier temps par Djamila Rowe, avant que celle-ci ne se rétracte[5].
À la suite de cette affaire et de la publicité qui lui a été donnée dans la presse suisse et allemande, le Conseiller fédéral Joseph Deiss décide de le rappeler en Suisse, où il présente sa démission[6]. L'éditeur ainsi que le rédacteur en chef du Blick ont tous deux, en , présenté leurs excuses au couple Borer pour cette affaire, alors que le magazine est condamné dans le même temps à leur verser des dommages-intérêts pour un montant de 1,7 million de francs suisses[7].
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