Du 11 mars 2003 jusqu'à sa mort, il dirige le Comité d'État pour le contrôle de la circulation des stupéfiants et des substances psychotropes de la fédération de Russie (depuis mars 2004 le Service fédéral de contrôle des drogues de Russie).
Début , plusieurs officiers supérieurs du Service fédéral de contrôle des drogues ont été arrêtés par des agents du FSB, ce qui a considéré par les analystes comme faisant partie d'une bataille de longue date entre Viktor Tcherkessov, Igor Setchine et d'autres membres du cercle restreint de Vladimir Poutine[2].
Le , un article signé par Tcherkessov a été publié dans Kommersant, où il a été affirmé que les responsables de l'administration russe de lutte contre la drogue détenus pour des accusationscriminelles au début du mois étaient l'exception plutôt que la règle, que la bataille de territoire entre les services secrets pourrait saper la stabilité de la nation, et que le seul scénario pour la Russie qui soit à la fois suffisamment réaliste et relativement favorable est de poursuivre son évolution vers un État corporatiste dirigé par des responsables des services de sécurité[3].
Le , deux officiers de l'administration russe de lutte contre la drogue ont été empoisonnés à mort, ce qui faisait partie de la lutte de pouvoir entre les clans de siloviks russes, selon Vladimir Pribylovski[4]. « L'ensemble du système politique de la Russie aujourd'hui est une lutte de divers clans et groupes qui se battent pour que Poutine reste au pouvoir selon leur scénario et non selon le scénario de leurs concurrents », a déclaré l'économiste Mikhaïl Déliaguine[4].
En 2010, Tcherkessov est relevé de ses fonctions puis est, de 2011 à 2016, député à la Douma d'État représentant le Parti communiste. Il critique les réformes du ministère de l'Intérieur de 2011-2012 mais, en général, soutient principalement le gouvernement de Poutine et ses décisions[6].
↑ a et b(en) RFE/RL's Russian Service, « Longtime Putin Associate Viktor Cherkesov Dies At 72 » [« Viktor Tcherkessov, associé de longue date de Poutine, est mort à 72 ans »], Radio Free Europe/Radio Liberty, .