La villa est acquise en 1576 par le richissime cardinal Ferdinand de Médicis qui, jusqu'à son accession au trône grand-ducal de Toscane en 1587, fait exécuter les projets de Bartolomeo Ammannati. Il se fait représenter dans la chambre dite « des Muses » en Jupiter régnant sur les Arts par le peintre Jacopo Zucchi[7]. Les armes de la maison de Médicis ornent la façade côté jardin. De fait, la villa est aménagée pour servir d'écrin à sa collection d'œuvres d'art, dans laquelle figurent des antiques (Les Niobides, d'origine grecque, Cléopâtre mourant…), de nombreux bronzes dont certains sont exposés sur la façade, comme le Mercure de Jean Bologne et aussi de très nombreux tableaux.
Villa et jardins à l'italienne au XVIIe siècle
Il enrichit le parc de sept hectares d'un jardin à l'italienne planté de pins, de cyprès et de chênes verts, et décoré de sculptures, qui rappellent le palais Spada de Rome. Ces dernières ont été de nos jours remplacées par des moulages, les originaux ayant rejoint les musées. Parmi celles-ci, on note les Niobides et le Mercure. À l'extrême nord se situe le studiolo orné de fresques murales à thématique animalière. Devant l'entrée, une terrasse offre une vue panoramique sur Rome. En 1587, le cardinal Ferdinand de Médicis y fait placer une fontaine, qu'on retrouvera comme sujet d'un tableau de Camille Corot.
Une légende raconte que la boule située au centre de la vasque est un boulet de canon tiré du château Saint-Ange sur la villa par Christine de Suède, reine réputée pour son goût des plaisanteries. Elle aurait ainsi voulu réveiller le maître de maison pour l'inviter à une partie de chasse…
Les anciens bâtiments de l'Académie de France à Rome ayant été incendiés en 1793, Napoléon Bonaparte décide en 1803, après la création du royaume d'Étrurie, d'installer celle-ci à la villa Médicis. À cette époque, la villa et ses jardins sont délabrés et entièrement restaurés pour accueillir les lauréats du prix de Rome dont le séjour s'y déroule encore aujourd'hui pour des durées allant de quelques semaines à un an, moyennant rémunération, pour les pensionnaires de la Villa demeurant une année[8],[9].
En 2016, une grande exposition anniversaire de l'académie y est organisée, « 350 ans de création. Les artistes de l’Académie de France à Rome de Louis XIV à nos jours »[13], dont le commissariat est assuré par Jérôme Delaplanche.
2021 : Même les anges, roman de Christèle Wurmser, dans lequel l’héroïne raconte la lourdeur de l’absence d’un homme lors de son séjour à la villa Médicis
↑Michel Conil-Lacoste, « Le peintre Balthus veut rendre la villa Médicis à sa pleine vocation culturelle par un rapprochement des disciplines », Le Monde, 17 février 1961.