Onzième enfant et huitième fils de l'empereur Maximilien II de Habsbourg et de l'infante Marie d'Autriche, le jeune archiduc fut envoyé avec un certain nombre de ses frères et sœurs terminer son éducation en Espagne auprès de son oncle maternel (et chef de famille) Philippe II d'Espagne.
En 1577, son oncle le fit nommer prieur de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en Castille. Le prieur mourût prématurément l'année suivante à l'âge de 17 ans. Sa dépouille fut déposée dans la nécropole royale de l'Escurial.
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance masculine depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre suit celui de l'aînesse.