Après la chute de la monarchie austro-hongroise, il est élu à l'Assemblée nationale constituante de la Première République autrichienne. En mars 1919, Miklas est promu sous-secrétaire d'Etat pour les affaires culturelles au cabinet du chancelier socialiste Karl Renner ; il conserve cette fonction après l'arrivée au pouvoir du gouvernement de son collègue de parti, Michael Mayr, en juillet 1920. Président du Conseil national de 1923 à 1928, il est élu successeur du président fédéral Michael Hainisch par l'Assemblée fédérale le .
Dollfuss et Miklas à la porterie de l'église votive, 1932.
D'amples pouvoirs sont attribués au président par l'amendement de la Constitution féderale adopté en 1929 ; toutefois, Miklas reste passif lorsque, le , le chancelier chrétien-social Engelbert Dollfuss déclare le Parlement dissous, en arguant qu'il est incapable de fonctionner. Ses écrits privés indiquent qu'il a réalisé que la Constitution est violée. Néanmoins, il ne répond ni à la demande de réactiver le Conseil national, exposée par les sociaux-démocrates Karl Renner et Karl Seitz en , ni au refus du gouvernement de soumettre des propositions concernant les sièges à repourvoir à la Cour constitutionnelle. Par la suite, l’Autriche devient un État autoritaire.
Le , des nazis autrichiens prévoient de prendre en otage le président fédéral, mais cette tentative du « putsch de juillet » échoue. À cette date Miklas passait ses vacances à Velden en Carinthie où il ne peut être arrêté. Le chancelier Dollfuss tente alors de s’enfuir de la chancellerie mais il est attaqué par les nazis et meurt dans la journée de ses blessures. Kurt Schuschnigg lui succède à la chancellerie et poursuit son œuvre jusqu'à ce que l'Anschluss mette un terme à cette politique.
À la démission de Schuschnigg le , Miklas se trouve obligé de nommer Arthur Seyss-Inquart, partisan du nazisme, chancelier fédéral. Ses bureaux sur la Ballhausplatz sont encerclés par des troupes SS. Au cours de cet événement, il est sauvé de fanatiques nazis par Otto Skorzeny qui le protége de la violence de ses agresseurs. Deux jours plus tard, Miklas démissionne pour se retirer de la vie publique.
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