A B-DNS jobbra forduló kétszálú DNS-szerkezet, mely az A-DNS-nél lazább, nukleobázisai a hélixtengelyre merőlegesek. A B-DNS a fiziológiás körülmények közt legjellemzőbb DNS-szerkezet, például a sejtek kromoszómáiban is így van jelen a DNS.[2] További DNS-szerkezetek például az A-DNS, a Z-DNS, a hajtű-, a triplex, a kereszt alakú, a balra forgató Z, a tetraplex és az A-motívum.[3] A lazább forma miatt a B-DNS-ben az A-DNS-nél kevesebb nukleobázis van fordulatonként, a nagy mélyedés sekélyebb, a kicsi mélyebb, és fordulatonként 30%-kal hosszabb.[4]
Kétszálú DNS-szerkezetek (dsDNS)
B-DNSA hélixtengely helyzete G-C bázispárhoz képest az A-, a B- és a Z-DNS-benBázispárszerkezetek
Geometria
A-DNS
B-DNS
Z-DNS
Hélixállás
jobbra forgat
jobbra forgat
balra forgat
Ismétlődő egység
1 bázispár
1 bázispár
2 bázispár
Forgás/bázispár
32,7°
34,3°
60°/2
Átlagos bp/fordulat
11
10
12
Bázispár-inklináció
+19°
−1,2°
−9°
Tengelymenti emelkedés/bp
2,6 Å (0,26 nm)
3,4 Å (0,34 nm)
3,7 Å (0,37 nm)
Fordulatonkénti emelkedés
28,6 Å (2,86 nm)
35,7 Å (3,57 nm)
45,6 Å (4,56 nm)
Átlagos csavarodás
+18°
+16°
0°
Glikozilszög
anti
anti
pirimidin: anti,
purin: szin
Nukleotidok foszfát-foszfát távolsága
5,9 Å
7,0 Å
C: 5,7 Å, G: 6,1 Å
Cukorhelyzet
C3'-endo
C2'-endo
C: C2'-endo, G: C3'-endo
Átmérő
23 Å (2,3 nm)
20 Å (2,0 nm)
18 Å (1,8 nm)
Jegyzetek
↑D. L. Beveridge, T. E. Cheatham, M. Mezei (2012. július). „The ABCs of molecular dynamics simulations on B-DNA, circa 2012”. Journal of biosciences37 (3), 379–397. o. PMID22750978. PMC4029509.
↑A. S. Boyer, S. Grgurevic, C. Cazaux, J. S. Hoffmann (2013. november). „The human specialized DNA polymerases and non-B DNA: vital relationships to preserve genome integrity”. Journal of molecular biology425 (23), 4767–4781. o. DOI:10.1016/j.jmb.2013.09.022. PMID24095858.
Ez a szócikk részben vagy egészben a B-DNA című német Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
Források
E. Girard, T. Prangé, A. C. Dhaussy, E. Migianu-Griffoni, M. Lecouvey, J. C. Chervin, M. Mezouar, R. Kahn, R. Fourme (2007). „Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure”. Nucleic acids research35 (14), 4800–4808. o. DOI:10.1093/nar/gkm511. PMID17617642. PMC1950552.
P. Cysewski (2009. június). „The post-SCF quantum chemistry characteristics of inter- and intra-strand stacking interactions in d(CpG) and d(GpC) steps found in B-DNA, A-DNA and Z-DNA crystals”. Journal of molecular modeling15 (6), 597–606. o. DOI:10.1007/s00894-008-0378-9. PMID19039609.
