Coimbrában született, így ifiként a város csapatában, az Académicában játszott. Első felnőttcsapata a másodosztálybeli FC Penafiel volt, ahol egy szezont játszott. Következő két csapata, a Leça FC és az FC Felgueiras is a másodosztályban játszott. 1996-ban az egyik legsikeresebb csapathoz, a FC Portóhoz szerződött. Itt 1998-ig szerepelt, ezután légiós lett, az akkor fénykorát élő Lazióhoz igazolt. Egészen 2004-ig olasz csapatokban szerepelt, ekkor egy szezonra hazatért, korábbi klubjához, a Portohoz.[1][2][3] Ekkor szerezte meg harmadik portugál bajnoki címét.
2004-ben a belga Standard de Liège csapatához igazolt, egy évre.[4] 2006-ban, többszöri durvaság miatt, három évre eltiltották.[5][6]
2007-ben, eltiltása lejárta után Kuvaitba, az Al-Qadisiyához került. Mindössze hét meccs után távozott.
2008-ban, miután nem tudott leszerződni egy portugál csapattal sem, a görög élvonalbeli PAOK-hoz igazolt. 2008. november 13-án jelentette be visszavonulását, valamint azt, hogy a jövőben a klub technikai igazgatójaként fog dolgozni.[7]
A válogatottban
A válogatottban összesen 56 mérkőzésen szerepelt, ezeken 12 gólt szerzett. Első meccsét Ukrajna ellen játszotta 1996. november 9-én, vb-selejtezőn.
Legsikeresebb mérkőzése a 2000-es Eb-n volt, ahol tőle meglepő módon mesterhármast szerzett. Ez a harmadik csoportmérkőzés volt, Németország ellen.[8]
A 2002-es vb selejtezőin összesen négy gólt szerzett.
Edzőként
2010 májusában a Conceição elhagyta a PAOK-ot, és csatlakozott egy másik egykori csapatához, a Standard de Liège-hez, ahol az edzői stáb tagja lett. Első vezetőedzői feladatát 2012. január 1-jén kapta, amikor Dauto Faquirát váltotta az Olhanense kispadján.[9] Augusztus 9-én távozott posztjáról, miután vitája támadt a vezetőséggel.[10] 2013 januárjában szóba került a neve a Videoton FC csapatánál is, mint lehetséges vezetőedző.[11] 2013. április 8-án szülővárosa csapatának, az Académica de Coimbrának az edzője lett,[12] ahonnan az idény végén távozott.[13] 2014 májusában kétéves szerződést írt alá a Bragával,[14] akiket a kupadöntőbe vezetett, de ott tizenegyesbárbajban alulmaradtak a Sportinggal szemben, annak ellenére, hogy a félidőben még a Braga vezetett 2-0-ra.[15] 2015. június 8-án a Conceição-t elbocsátották állásából, ezt követően pedig a Vitória Guimarães kispadjára ült le.[16] 2016. január 17-én tizennégy év után győzelemre vezette csapatát a Porto ellen, de a szezon végén így is távoznia kellett.[17][18] 2016. december 8-án a francia első osztályú FC Nantes kispadjára ült le,[19] és bár a következő év februárjában a Leicester City-nél is felmerült a neve, a Nantes elnöke, Waldemar Kita ragaszkodott hozzá, hogy kitöltse kétéves szerződését.[20] 2017 júniusában, miután felbontotta szerződését a franciákkal, egykori klubja, az FC Porto vezetőedzője lett, ahol Nuno Espírito Santót váltotta és ahol kétéves szerződést írt alá.[21][22]
2024. december 30-án nevezték ki az AC Milan vezetőedzőjének.[23][24]