Atahualpa nacque nella provincia di Buenos Aires, precisamente nella zona conosciuta come Campo de la Cruz, e fu iscritto a Pergamino, città da lì distante 30 km (224 a nordest di Buenos Aires). Il padre era originario di Loreto e aveva sangue quechua. La madre era basca.
Passò i primi anni dell'infanzia ad Agustín Roca, villaggio della provincia natale, dove il padre lavorava come ferroviere. I suoi giorni trascorrono tra le rivelazioni che gli riserva la vita rurale e la scoperta della musica, cui si avvicina per il tramite dei canti dei contadini e del suono delle loro chitarre:
«Mentre lungo i campi si allungavano le ombre del crepuscolo, le chitarre della pampa cominciavano la loro antica stregoneria, tessendo una rete di emozioni e ricordi di fatti indimenticabili. Erano stili dal ritmo sereno, dal discorso distinto e nostalgico, in cui trovavano spazio tutte le parole che ispirano la pianura infinita, i suoi trifogli, il suo monte, il solitario ombú[1], il galoppo dei puledri, le cose dell'amore assente. Erano milonghe lente, nelle tonalità di do maggiore o mi minore, modi utilizzati dal popolo per descrivere le cose oggettive, per narrare con tono lirico i fatti della pampa. Il canto era l'unica voce nella penombra [...]. Così, in pomeriggi infiniti, fui penetrando nel canto della pianura, grazie a questi popolani. Furono loro i miei maestri. Loro e, poi, la moltitudine di popolani che la vita, nel tempo, mi fece incontrare. Ciascuno aveva il 'proprio' stile. Ciascuno esprimeva, suonando o cantando, gli eventi che la pampa dettava loro.»
La chitarra rimarrà un amore costante lungo tutta la sua vita. Dopo un breve quanto fallimentare approccio al violino, Atahualpa comincia a prendere lezioni di chitarra dal maestro Bautista Almirón, che marca a fuoco il suo destino e la sua vocazione. Scopre, inoltre, un vasto repertorio che supera i confini di quello gauchesco.
«Molte mattine la chitarra di Bautista Almirón riempiva la casa e i roseti del cortile con i preludi di Fernando Sor, di Costes, con i prodigiosi acquarelli di Albéniz, Granados, con Tárrega, maestro dei maestri, con le trascrizioni di Pujol, con Schubert, Liszt, Beethoven, Bach, Schumann. Tutta la letteratura chitarristica passava per l'oscura chitarra del maestro Almirón, quasi spargendo benedizioni sul mondo nuovo di un ragazzo di campagna, che si addentrava in un continente incantato, sentendo che questa musica, nel suo cuore, si faceva tanto sacra da eguagliare in virtù il cantare solitario dei gauchos.»
(El canto del viento, II)
I suoi studi non poterono essere costanti né completi e ciò per diverse ragioni: mancanza di denaro, studi di altro tipo, trasferimenti della famiglia o tournée del maestro Almirón, ma il suo destino di musicista era comunque deciso: "La chitarra con tutta la sua luce, con tutti i dolori e i percorsi e i dubbi. La chitarra con il suo pianto e la sua aurora, sorella del mio sangue e della mia insonnia, per sempre!"[2]
Fin da quando diede a far conoscere i propri poemi utilizzò lo pseudonimo di Atahualpa Yupanqui. L'etimologia di questo nome la diede lui stesso: "Viene da terre lontane per raccontar qualcosa" (Ata: "viene"; Ku: "da lontano"; Alpa: "terra"; Yupanqui: "racconterai", "devi raccontare").
Si racconta che le mani di Atahualpa rimasero gravemente ferite dai colpi inferti con il calcio delle pistole dai membri di un gruppo militare di estrema destra. Le Coplas del payador perseguido sarebbero, a quanto pare, una risposta a questa aggressione: "e per quanto mi tolgano la vita/o incatenino la mia libertà/e per quanto bruciacchino, forse,/la mia chitarra nei focolari/le mie canzoni sopravviveranno/nell'anima degli altri". Questa canzone fu proibita in alcuni paesi, come, ad esempio, la Spagnafranchista. Atahualpa fu esiliato a Parigi. Alla Sociedad Argentina de Autores y Compositores (SADAIC) risultano registrate circa 350 sue canzoni.[3]
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Nel 1981 il musicista italiano Paolo Conte ha pubblicato il brano Alle prese con una verde milonga, contenuto nell'album Paris milonga: la canzone fu ispirata dalla musica e dalla figura di Atahualpa Yupanqui, che Conte conobbe in Italia durante un'edizione del Premio Tenco[4], e rimane un omaggio che il cantante italiano rese a quello argentino (con ammirazione e ironia, nel testo della canzone Atahualpa è un vero e proprio "dio" della milonga e nelle note al disco di Conte Yupanqui viene presentato come l'«ultimo grande interprete della danza pampera chiamata milonga»).
Nel 2012 il cantautore italiano Vinicio Capossela ha inserito nell'album Rebetiko Gymnastas il brano Abbandonato, (libera interpretazione) traduzione in italiano del brano Los ejes de mi carreta.
