Il rosso rappresenta il coraggio, la forza, il valore e lo spargimento di sangue degli albanesi, mentre l'Aquila rappresenta lo stato sovrano dell'Albania. Fu istituita come bandiera nazionale dell'Albania quando il Paese ottenne l'indipendenza dall'Impero ottomano nel 1912.
L'aquila bicipite è l'insegna araldica tipica dell'impero bizantino. Tuttavia, secondo Fan Stilian Noli, la famiglia dei Castriota è probabile che se ne fosse appropriata non tanto per vanto di origini legate alle famiglie imperiali d'Oriente quanto perché, in origine, Paolo Castriota, avo di Scanderbeg, essendo signore di due castelli con le relative cittadine, ne voleva simboleggiare il possesso.
L'attuale bandiera è stata adottata ufficialmente il 7 aprile 1992, ma le bandiere precedenti, quella del Regno albanese e quella dello Stato comunista del dopoguerra, erano sostanzialmente identiche. La prima recava l'elmo di Scanderbeg sopra l'aquila, mentre la seconda aveva una stella rossa bordata di giallo.
La bandiera è storicamente adottata da numerosi comuni e centri albanesi d'Italia.