Primo turno: ognuna delle 22 squadre affronta una volta tutte le altre. Si qualificano alla fase finale le prime 8 classificate. Retrocedono in Série B le 4 squadre con la minore media punti relativa ai campionati 1998 e 1999.
Quarti di finale, semifinale e finale: gare in tre partite. Gioca in casa la seconda e l'eventuale terza partita la squadra che ha ottenuto il miglior risultato nel turno precedente. Si qualifica la squadra che vince le prime due partite (in tal caso non si disputa la terza) o che ottiene il miglior risultato dopo la terza.
Corinthians, Cruzeiro, Vasco da Gama, Ponte Preta, San Paolo, Vitória, Atlético Mineiro e Guarani qualificati ai quarti di finale.
Retrocessioni
Per determinare le retrocesse si fa la media pesata dei punti conquistati nelle stagioni 1998 e 1999 con la formula MediaPunti = [(Punti98 / 23) + (Punti99 / 21)] / 2. Nel caso di Gama e Botafogo-SP, che non avevano partecipato alla Série A 1998, la media punti viene calcolata solo relativamente alla stagione 1999. Le peggiori quattro in questa graduatoria vengono retrocesse in Série B.
Torneo di qualificazioni alla Coppa Libertadores 2000
La CONMEBOL nel 1999 modificò radicalmente la formula della Coppa Libertadores: il numero di partecipanti fu aumentato da 23 a 34 e i 2 posti disponibili per le squadre brasiliane furono aumentati a 4. Da regolamento si sarebbero qualificati per la Coppa Libertadores 2000 le due squadre finaliste del campionato e la vincitrice della Coppa del Brasile e restava quindi un altro posto da assegnare. La CBF decise quindi di svolgere un torneo di qualificazione parallelo alla fase finale del campionato riservato alle squadre che non avevano più la possibilità di raggiungere la finale ad eccezione di quelle retrocesse e del Palmeiras, già qualificato di diritto come vincitore della Coppa Libertadores 1999.
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